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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002200

染色体: Chr08 坐标: 19937048-19937951 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002200
名称SmilChr08G002200
描述protein DETOXIFICATION 13-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19937048 - 19937951 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001734
GeneID131001734
locus_tag-
NCBI NameLOC131001734
原始查询SmilChr08G002200

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DETOXIFICATION 13-like
产物protein DETOXIFICATION 13-like
ArabidopsisAT1G15170 (AT1G15170)
MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838083]
identity=56.4; qcov=0.783; evalue=1.29e-30; confidence=medium
RiceOs01g0504500
-
identity=55.9; qcov=0.85; evalue=2.54e-33; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001734

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057784280.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057784280.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057784280.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784280.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784280.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19937250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:19937258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr8:19937290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B48,B86,C34
Chr8:19937297 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B48,D5
Chr8:19937297 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 2 B48,D5
Chr8:19937310 CT * 1bp_deletion CDS_variant 5 A21,B107,B113,B124,B46
Chr8:19937447 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 5 A22,B125,B36,B47,B69
Chr8:19937447 CTT C 2bp_deletion CDS_variant 5 A22,B125,B36,B47,B69
Chr8:19937510 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 45 A13,A18,A5,B101,B105,B106,B107,B108,B117,B120,B13,B130,B133,B19,B46,B50,B52,B6,B60,B72,B74,B75,B84,B85,B87,B91,B94,B99,C1,C16,C26,C28,C34,C42,C5,C55,C60,C65,C67,C72,C74,C81,C82,C86,D3
Chr8:19937616 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 55 A16,A7,B10,B101,B104,B110,B112,B12,B121,B126,B127,B14,B15,B16,B2,B23,B32,B33,B35,B4,B44,B54,B65,B70,B73,B77,B78,B79,B89,B93,B98,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C20,C22,C25,C29,C3,C37,C39,C4,C43,C47,C50,C53,C61,C62,C7,C84,D10,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928297.1
CACGTAAATGTAAATATATATTGAAAGCCGGAAGCAGCCGGAACCACTCTGTATGCAGTGTTGGCTCTGTCGATCACAGAGTTCCTAGCAGCTGGCTTTGCCATTGGATCATCTGGTCCTGTGTTAGGGTACGCGTTTAGCGCGGACAAACAAGTGATCCATTATGTCAGGAAAATGGCGCCTTTCCTCGGCATCTCCATCGTCATGGATGGCTTACAGGCTGTTCTTTCGGGGGTGGTGAGAGGCATCGGGTTGCAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001734
ATGGCGCCTTTCCTCGGCATCTCCATCGTCATGGATGGCTTACAGGCTGTTCTTTCGGGGGTGGTGAGAGGCATCGGGTTGCAGCATATAGGGGCGTACGTGAATCTGGGTGCATATTATTTGGTGTGCATCCCAGTGGCTCTCTTGTTTGCATTTGTAGTCCACCTCAAAGGGCAAGGCCTTTGGAGCGGACTCGTAGCAGGAGCAACCGTACAATCTTTCGCGCTTTCTCTTCTAACTGCCTTCACTCACTGGGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784280.1
MAPFLGISIVMDGLQAVLSGVVRGIGLQHIGAYVNLGAYYLVCIPVALLFAFVVHLKGQGLWSGLVAGATVQSFALSLLTAFTHWENKAIEARQMIFSEEFPAGIDSVCEHEREKLVEIV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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