当前解析结果
SmilChr08G002202| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002202 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002202 |
| 描述 | probable histone chaperone ASF1A |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 19950658 - 19953800 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001735 |
|---|---|
| GeneID | 131001735 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001735 |
| 原始查询 | SmilChr08G002202 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable histone chaperone ASF1A |
| 产物 | probable histone chaperone ASF1A |
| Arabidopsis | AT1G66740 (SGA2)ASF1 like histone chaperone [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842992] identity=80.2; qcov=0.882; evalue=1.63e-102; confidence=high |
| Rice | Os05g0553800- identity=81.2; qcov=0.903; evalue=6.77e-105; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0006335 (DNA replication-dependent chromatin assembly); GO:0042393 (histone binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04729 (ASF1_hist_chap) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001735 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784281.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057784281.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784281.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784281.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784281.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:19951433 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,C32,C68,D11 |
Chr8:19951483 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B122,B74,C2 |
Chr8:19951496 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,C32,C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784281.1PF04729
ASF1_hist_chap 1-154 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784281.1 |
Pfam | PF04729 |
ASF1_hist_chap | Family | 1 | 154 | 1.4e-72 | 243.3 | ASF1 like histone chaperone |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。