当前解析结果
SmilChr08G002210| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002210 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002210 |
| 描述 | probable serine/threonine-protein kinase PBL7 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 20076156 - 20079410 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001743 |
|---|---|
| GeneID | 131001743 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001743 |
| 原始查询 | SmilChr08G002210 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable serine/threonine-protein kinase PBL7 |
| 产物 | probable serine/threonine-protein kinase PBL7 |
| Arabidopsis | AT5G37790 (AT5G37790)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833757] identity=62; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0180500 (OsRLCK361)- identity=47.5; qcov=0.587; evalue=5.51e-78; confidence=medium |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001743 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057784291.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784291.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784291.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784291.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784291.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:20076953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr8:20077055 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,A25,B124,C70 |
Chr8:20077112 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr8:20077119 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B61 |
Chr8:20077119 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B61 |
Chr8:20077162 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr8:20077620 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C73 |
Chr8:20079106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784291.1PF00069
Pkinase 183-395 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 185-392 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784291.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 183 | 395 | 8.7e-42 | 144.0 | Protein kinase domain |
XP_057784291.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 185 | 392 | 1.8e-40 | 139.6 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。