当前解析结果
SmilChr08G002224| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002224 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002224 |
| 描述 | transcription factor MYB114-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 20263886 - 20277170 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998174 |
|---|---|
| GeneID | 130998174 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998174 |
| 原始查询 | SmilChr08G002224 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor MYB114-like |
| 产物 | transcription factor MYB114-like |
| Arabidopsis | AT1G66370 (MYB113)myb domain protein 113 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842955] identity=79.8; qcov=0.717; evalue=3.91e-58; confidence=high |
| Rice | Os03g0410000 (OsMyb3)- identity=65.4; qcov=0.717; evalue=4.27e-44; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998174 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057779588.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779588.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779588.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779588.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057779588.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779588.1PF00249
Myb_DNA-binding 15-62 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 18-76 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 69-110 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 71-113 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779588.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 15 | 62 | 1.9e-34 | 118.3 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057779588.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 18 | 76 | 2e-20 | 73.5 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057779588.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 69 | 110 | 1.9e-34 | 118.3 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057779588.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 71 | 113 | 2e-20 | 73.5 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。