Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002228`

染色体: Chr08 坐标: 20344006-20345002 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G002228`
名称	SmilChr08G002228
描述	uncharacterized SmilChr08G002228
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	20344006 - 20345002 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001759`
GeneID	`131001759`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC131001759`
原始查询	`SmilChr08G002228`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0108200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os03g0108200; species=rice; confidence=low
拟南芥	`-` -
水稻	`Os03g0108200` - identity=32.94; qcov=0.503; evalue=3.56e-06; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001759

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	细胞核	1.00000	`XP_057784308.1`
2	细胞质	0.60000	`XP_057784308.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:20344086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B21,C47
`Chr8:20344093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr8:20344191`	`C`	`CT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	46	A16,A18,A19,A21,A6,B11,B113,B114,B121,B124,B125,B133,B21,B22,B30,B32,B42,B43,B44,B47,B5,B52,B65,B7,B72,B73,B77,B80,B9,B91,B97,C1,C10,C11,C25,C26,C3,C40,C41,C47,C52,C55,C64,C69,C73,C82
`Chr8:20344210`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,A10
`Chr8:20344231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:20344239`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C22
`Chr8:20344249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr8:20344309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr8:20344607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,A10,B73
`Chr8:20344788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr8:20344791`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,A10
`Chr8:20344810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928325.1
GTTAAAGTTGTCCTGCCATCGTTGAGGGTTTTAATTGTCCGAAATGGACAAATCGAAACCTCAATTCGACAAACCCAAACCTCATTTCGACGATTGGGACGATTACTCTTTTTATAAGTACATGAAAAGCTTAAATCTTGATCTATGGGGGAAACATGATGGGAGTGGCACAACCTCCAGCGGAACTGAAACTGTCGACGATTGCAAGGGCCTTGGGGATGATGGGAGACCACCGCCATGGGTCGAGCGAAAACGACACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057784308.1_43237
ATGGACAAATCGAAACCTCAATTCGACAAACCCAAACCTCATTTCGACGATTGGGACGATTACTCTTTTTATAAGTACATGAAAAGCTTAAATCTTGATCTATGGGGGAAACATGATGGGAGTGGCACAACCTCCAGCGGAACTGAAACTGTCGACGATTGCAAGGGCCTTGGGGATGATGGGAGACCACCGCCATGGGTCGAGCGAAAACGACACATTGTGGACGTCAATATAAAGTGCTTCTTTTGTCGACAAGCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784308.1
MDKSKPQFDKPKPHFDDWDDYSFYKYMKSLNLDLWGKHDGSGTTSSGTETVDDCKGLGDDGRPPPWVERKRHIVDVNIKCFFCRQATQTAGEHTISNFPCGLVFGYSCVQAKLRSEDKSCPGCGEIHLHHDVTQLDIGPEQMTENHQKEAEEPVLGSSANANS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器