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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002240

染色体: Chr08 坐标: 20550070-20551079 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002240
名称SmilChr08G002240
描述uncharacterized SmilChr08G002240
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向20550070 - 20551079 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998177
GeneID130998177
locus_tag-
NCBI NameLOC130998177
原始查询SmilChr08G002240

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998177

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779592.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057779592.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779592.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779592.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779592.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:20550327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B128,C40,C83
Chr8:20550342 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B110
Chr8:20550342 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B110
Chr8:20550458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,B86
Chr8:20550534 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 A15
Chr8:20550534 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 A15
Chr8:20550536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr8:20550664 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 51 A10,A15,A16,A2,A20,A25,A3,B101,B105,B113,B117,B131,B140,B23,B29,B32,B38,B40,B64,B78,B81,B86,B90,B94,B97,C1,C12,C14,C28,C31,C4,C40,C46,C5,C50,C51,C58,C59,C62,C63,C65,C67,C7,C75,C78,C80,C83,D2,D6,D8,D9
Chr8:20550665 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 51 A10,A15,A16,A2,A20,A25,A3,B101,B105,B113,B117,B131,B140,B23,B29,B32,B38,B40,B64,B78,B81,B86,B90,B94,B97,C1,C12,C14,C28,C31,C4,C40,C46,C5,C50,C51,C58,C59,C62,C63,C65,C67,C7,C75,C78,C80,C83,D2,D6,D8,D9
Chr8:20550669 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 49 A10,A15,A16,A2,A20,A25,A3,B101,B113,B117,B131,B140,B23,B29,B32,B38,B40,B64,B78,B81,B86,B90,B94,B97,C1,C12,C14,C28,C31,C4,C40,C46,C5,C50,C51,C58,C59,C62,C63,C67,C7,C75,C78,C80,C83,D2,D6,D8,D9
Chr8:20550683 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 48 A10,A15,A16,A2,A20,A25,A3,B101,B113,B117,B131,B140,B23,B29,B32,B38,B40,B64,B78,B81,B90,B94,B97,C1,C12,C14,C28,C31,C4,C40,C46,C5,C50,C51,C58,C59,C62,C63,C67,C7,C75,C78,C80,C83,D2,D6,D8,D9
Chr8:20550978 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 17 A15,A20,A8,B1,B104,B105,B111,B13,B16,B21,B28,B36,B51,C40,C42,C8,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923609.1
ATGGCTAATTGTGGCGTTAGTGGTGGTGCTAAATTTGAAAGCGCGACGGCTAACTGCGGTGTTAGCTCTGTTAGCGGTGGCTGTGGTGTTAATAGTGGTGAATCTGGAAGCATGATGGCTAATTGCGGTGTAAGTGGTGGTGCTAAATCTGAAAACATGATGGCTAACTACGGTGTAAGTGGTGGTGCTAAATCTGAAAGCATGAAGGCTAATTGCGGTGTAAGTGGTGGTGTTAAATCTGAAAGCATGATGGCTAACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998177
ATGGCTAATTGTGGCGTTAGTGGTGGTGCTAAATTTGAAAGCGCGACGGCTAACTGCGGTGTTAGCTCTGTTAGCGGTGGCTGTGGTGTTAATAGTGGTGAATCTGGAAGCATGATGGCTAATTGCGGTGTAAGTGGTGGTGCTAAATCTGAAAACATGATGGCTAACTACGGTGTAAGTGGTGGTGCTAAATCTGAAAGCATGAAGGCTAATTGCGGTGTAAGTGGTGGTGTTAAATCTGAAAGCATGATGGCTAACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779592.1
MANCGVSGGAKFESATANCGVSSVSGGCGVNSGESGSMMANCGVSGGAKSENMMANYGVSGGAKSESMKANCGVSGGVKSESMMANCGVSGGAKSESMMANCGVSGGAKSESVMANCGVSSVSGGCGVSSGESENMMANCGVSGDAGSKSVMANCGVSAISGGCGVSTGETGSMMANCGVSSGAKSESMMANCGVITISSSCGVRGGESGNMMANCGVSTVSGGCGTSNGESESVMANCGVSGGESTKCGGCGRLKSVCV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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