Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002247`

染色体: Chr08 坐标: 20684800-20685889 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002247`
名称	SmilChr08G002247
描述	uncharacterized protein At5g65660
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	20684800 - 20685889 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001775`
GeneID	`131001775`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001775`
原始查询	`SmilChr08G002247`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836692]; symbol=AT5G65660; hit=AT5G65660; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836692]; symbol=AT5G65660; hit=AT5G65660; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G65660` (AT5G65660) hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836692] identity=57.55; qcov=1.0; evalue=9.12e-46; confidence=medium
Rice	`Os03g0852000` - identity=55.67; qcov=0.662; evalue=1.35e-28; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF28413 (At5g65660_helical)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001775

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057784337.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:20685072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr8:20685162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B70
`Chr8:20685301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr8:20685337`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784337.1

130 aa

130

At5g65660_helical

PF28413 At5g65660_helical 25-54 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784337.1`	Pfam	`PF28413`	At5g65660_helical	Domain	25	54	2.3e-20	72.6	At5g65660-like helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928354.1
AAGAGAGAAACAATTTTTTTTTCCTTAAGAGGGAAACAATTTGATAGTCACCCGCACCAAACTTAAGTGGGGTAATTGTACCCACCCCACCACCCCTCCCCCTTTCATTTCCGTACCACTGAATATGTACCTCAACACGTACCCCATCATTTCTTTATAAATTGCCCCCATCGGCTCTCATCACAATTTACATTACACCACCACAAATCTTTCTTCTATAGCGTCCGATTCAAAATTATAAATATATATTTCCATAGCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057784337.1_43265
ATGGAGAGTCCTTACCACGGCGGTCCGCCGGTTACCAGCCACGGCGGAGGTTCACGGCCGTCGCTGGGGTTCCCTCTCGGCACCGCCCTGCTTCTGGTGGTGATCTTCAGCCTCAGCGGCATCTTCTCCTGCTGCTACCACTGGGACAAGCTCCGCCGCACTCTCTCGCTCGATGCGGCCGACGCTGATCTTGGCCCTATCAAGCCTAAACCCTCCAACACGAATTTGAAGCAAAAAGAGAATCAGAGCTTGCCTGTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784337.1
MESPYHGGPPVTSHGGGSRPSLGFPLGTALLLVVIFSLSGIFSCCYHWDKLRRTLSLDAADADLGPIKPKPSNTNLKQKENQSLPVIMPGDNVPKFIALPCPCQPPRQGSVVVEVEIPPPKPPRIAVPFY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器