Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002252`

染色体: Chr08 坐标: 20740208-20743713 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002252`
名称	SmilChr08G002252
描述	uncharacterized SmilChr08G002252
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	20740208 - 20743713 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998182`
GeneID	`130998182`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998182`
原始查询	`SmilChr08G002252`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0208400` - identity=36.3; qcov=1.03; evalue=1.66e-172; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02992 (Transposase_21); PF13960 (DUF4218); PF13963 (Transpos_assoc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998182

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779596.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057779596.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057779596.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779596.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779596.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:20740217`	`T`	`TAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B40
`Chr8:20740217`	`T`	`TAG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B40
`Chr8:20740242`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,D2
`Chr8:20740248`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr8:20740292`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B65
`Chr8:20740292`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B65
`Chr8:20740294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	16	B105,B107,B119,B134,B27,B63,B87,B93,C14,C26,C41,C54,C63,C69,C76,C9
`Chr8:20740295`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C61
`Chr8:20740398`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	B110,B121,B140,B41,B72,B88,C17,C52,C67
`Chr8:20740413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,C27,C31
`Chr8:20740456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B26,C37,C65,C67,D3
`Chr8:20740495`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B111,B12,B71,B88,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779596.1

780 aa

390

780

Transpos_assoc

Transposase_21

DUF4218

PF13963 Transpos_assoc 5-84 aa PF02992 Transposase_21 290-502 aa PF13960 DUF4218 687-779 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779596.1`	Pfam	`PF13963`	Transpos_assoc	Domain	5	84	1.6e-21	76.9	Transposase-associated domain
`XP_057779596.1`	Pfam	`PF02992`	Transposase_21	Family	290	502	1.3e-82	276.9	Transposase family tnp2
`XP_057779596.1`	Pfam	`PF13960`	DUF4218	Domain	687	779	6.1e-39	133.1	Domain of unknown function (DUF4218)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923613.1
AAGCTGAACGCCGAACGCCGCCGCCGCTGCTGGAGAAAGCTGAACGCCGAACGCCGCCGCCGCTGCTGCGAAACGCCAAACGCCGCCGCCGTCGCTGGAGAAGGTCCCTCCCACCACCGCCGCTGGACGTCTGCTCCCGTGAAGCTGCTCCGGCACCGCCGCACCGCGCTTGGCCACTATTCAGGTGAGTAACTGCAGATCTGCCAGAATCTCAATTGGTCGTCCCTTTCTCCGACGCCGTCACCGCTGCTGTCCGGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998182
ATGAGTGAAAATCGTGAGTGGATGTATCGACGTTTTCTACCTGATGGAGCTTTGAATCCCGATTTTCAAAGAGGTCTTCAAGGTTTCATTGACTACGCTAGCAGTAGACGAGATTTAATGGATGGGGAAAAAATTAGGTGTCCGTGTAGGAAATGCGATAATATACGTTTCCATACTAAAAACAATGTCCAGTATCACATAGCAAAGAACGGATTTGTGCGGGATTACCATATTTGGAGGTTTCATGGGGAAATTGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779596.1
MSENREWMYRRFLPDGALNPDFQRGLQGFIDYASSRRDLMDGEKIRCPCRKCDNIRFHTKNNVQYHIAKNGFVRDYHIWRFHGEIEMPTTEYHNFEDIEDNEDNYQNMVMDIAASQYNIQNIEEPPNPKAELLYNMLKAADKELWPGCKTHSQLSLVARVMSLKAEGNMSERCFDQWLDLIKEILPENNLAPTSFYETKKLLSGMGLPVQRIDCCPNNCMLYWEDDRDLVQCKYCGESRYKNNRDSRSSRKTLVAAKRMF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器