Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002257`

染色体: Chr08 坐标: 20799770-20800420 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002257`
名称	SmilChr08G002257
描述	glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	20799770 - 20800420 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998184`
GeneID	`130998184`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998184`
原始查询	`SmilChr08G002257`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase T3-like
产物	glutathione S-transferase T3-like
Arabidopsis	`AT3G47680` (AT3G47680) DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=36.1; qcov=0.667; evalue=2.1e-25; confidence=medium
Rice	`Os01g0527900` - identity=35.7; qcov=0.662; evalue=4.51e-19; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998184

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779599.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779599.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779599.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779599.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779599.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:20799794`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	17	A23,B11,B14,B27,B31,B38,B7,B75,B95,B97,C20,C29,C56,C76,C83,C84,C86
`Chr8:20799815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	A10,B56,B96,C40,C54,C6,C78,C84,C85
`Chr8:20799820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B26,B56,C23
`Chr8:20799836`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B31,B38,B7,B95,B97,C29,C76
`Chr8:20799869`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B41,C46
`Chr8:20799869`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B41,C46
`Chr8:20799877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B26,C23
`Chr8:20799878`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A23,B11,B14,B27,B31,B38,B7,B97,C20,C29,C56,C76,C86,D11
`Chr8:20799886`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A5,B112,B42,B43
`Chr8:20799886`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B112,B42,B43
`Chr8:20799889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B112,B42,B43
`Chr8:20799895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A4,B13,B78,C5,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923616.1
ATGCCTCCACCAAATCAATCTCAACAAACTAGCTCCCAGTTTCCTCAATATTCTTCACAAATTTCCCTTGCTCATGATGACGATGATGGAGTCGAGGAAGTTGTTAAATCTACTGCAAATGTAAAGGAGACAAAGACGATGTGGACTCCTGATGAAGATATCCTTCTTGTAAAAGCTTGGTACAACACTAGCACCGACTCCATTATTGGCAATCAACAAAAGAGAAAGGTTTTTTGGGAGAAAATTGCTGCCTACTACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998184
ATGCCTCCACCAAATCAATCTCAACAAACTAGCTCCCAGTTTCCTCAATATTCTTCACAAATTTCCCTTGCTCATGATGACGATGATGGAGTCGAGGAAGTTGTTAAATCTACTGCAAATGTAAAGGAGACAAAGACGATGTGGACTCCTGATGAAGATATCCTTCTTGTAAAAGCTTGGTACAACACTAGCACCGACTCCATTATTGGCAATCAACAAAAGAGAAAGGTTTTTTGGGAGAAAATTGCTGCCTACTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779599.1
MPPPNQSQQTSSQFPQYSSQISLAHDDDDGVEEVVKSTANVKETKTMWTPDEDILLVKAWYNTSTDSIIGNQQKRKVFWEKIAAYYNEWRPEGTVARSYSQVKNHYYKINPDINKWAGIYNNFWSNRASGQDDDDVLEVAKRAWRNDDPKNKDFKFLHVWKIIQTCEKWTPQQMPQNPQKKAKNSETVSPSSTDTGARMRPWDNRELNDKRNKRLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器