当前解析结果
SmilChr08G002265| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002265 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002265 |
| 描述 | protein OSB2, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 20910799 - 20913071 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001788 |
|---|---|
| GeneID | 131001788 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001788 |
| 原始查询 | SmilChr08G002265 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein OSB2, chloroplastic-like |
| 产物 | protein OSB2%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT1G47720 (OSB1)Primosome PriB/single-strand DNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841183] identity=32.4; qcov=0.888; evalue=7.31e-33; confidence=low |
| Rice | Os03g0633900- identity=54.6; qcov=0.807; evalue=5.27e-82; confidence=high |
| GO | GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0006264 (mitochondrial DNA replication); GO:0042645 (mitochondrial nucleoid); GO:0051096 (positive regulation of helicase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00436 (SSB); PF30937 (OSB_PDF); PF30940 (OSB_SSB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001788 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057784364.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.20000 | XP_057784364.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784364.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784364.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784364.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:20911040 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr8:20911051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr8:20911076 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B94,C5,C82 |
Chr8:20911130 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr8:20911211 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B18,C9 |
Chr8:20911346 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr8:20912133 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B36,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784364.1PF30940
OSB_SSB 81-178 aa
PF00436
SSB 84-177 aa
PF30937
OSB_PDF 218-270 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784364.1 |
Pfam | PF30940 |
OSB_SSB | Domain | 81 | 178 | 5.5e-24 | 85.0 | OSB SSB domain |
XP_057784364.1 |
Pfam | PF00436 |
SSB | Domain | 84 | 177 | 5.5e-17 | 62.4 | Single-strand binding protein family |
XP_057784364.1 |
Pfam | PF30937 |
OSB_PDF | Repeat | 218 | 270 | 7.8e-20 | 70.8 | OSB PDF repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。