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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002265

染色体: Chr08 坐标: 20910799-20913071 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002265
名称SmilChr08G002265
描述protein OSB2, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向20910799 - 20913071 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001788
GeneID131001788
locus_tag-
NCBI NameLOC131001788
原始查询SmilChr08G002265

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein OSB2, chloroplastic-like
产物protein OSB2%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G47720 (OSB1)
Primosome PriB/single-strand DNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841183]
identity=32.4; qcov=0.888; evalue=7.31e-33; confidence=low
RiceOs03g0633900
-
identity=54.6; qcov=0.807; evalue=5.27e-82; confidence=high
GOGO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0006264 (mitochondrial DNA replication); GO:0042645 (mitochondrial nucleoid); GO:0051096 (positive regulation of helicase activity)
KEGG-
PfamPF00436 (SSB); PF30937 (OSB_PDF); PF30940 (OSB_SSB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001788

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057784364.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057784364.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784364.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784364.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784364.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:20911040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr8:20911051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr8:20911076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B94,C5,C82
Chr8:20911130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr8:20911211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C9
Chr8:20911346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr8:20912133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784364.1
295 aa
N
1
148
295
OSB_SSB
SSB
OSB_PDF
C
PF30940 OSB_SSB 81-178 aa PF00436 SSB 84-177 aa PF30937 OSB_PDF 218-270 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784364.1 Pfam PF30940 OSB_SSB Domain 81 178 5.5e-24 85.0 OSB SSB domain
XP_057784364.1 Pfam PF00436 SSB Domain 84 177 5.5e-17 62.4 Single-strand binding protein family
XP_057784364.1 Pfam PF30937 OSB_PDF Repeat 218 270 7.8e-20 70.8 OSB PDF repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928381.1
AAAAAAAAAAGACGAGCTTTGATATATTTTTTTTTAAGATATAAACGTAGCGAAAAATGTTGCAAAATTTGGACCCTGCAGTGGCAGTCTCTGTCTTGTCCGTGAAGATAGTTGGACAACTCCACTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTGCTCTTCCTTCCACAAAACCCTAAATACTGCATCTCAAAATTCCTGCTCCAATGGCGTTAAAGCAAACGCTGGTAGTAAATAACACTCTTCTCCTCCACCCAAACCCCACTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001788
ATGGCGTTAAAGCAAACGCTGGTAGTAAATAACACTCTTCTCCTCCACCCAAACCCCACTCCAATTTCCCCATTTCGCTCCCTAAATCCCAACACCCTACGAAAATTGGCTTCCGCCTCACGTATCAAATGTTCGTTCGATTACAGCGGCGCCAACAATAACAATGGGATTTATGAGTACGAACGTTATGCGGCGGCGGGGCCGCAGTATCCTAGGCCGTCCGAGATTCAGTGGAAGAAGGAGCTCTGCAATTCGGTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784364.1
MALKQTLVVNNTLLLHPNPTPISPFRSLNPNTLRKLASASRIKCSFDYSGANNNNGIYEYERYAAAGPQYPRPSEIQWKKELCNSVQLIGVVGAPVQIKHLASGKVVGWSRLAVKKSQTDTIWINLTFWDELAHIASQHVEKGQQIHVSGRLVSDTVENDDGKQQTYYKVVVQHLNFIEKSPSPVPLYNGDSNSATPGKSQSSFSSNSTGSTEELWQAFFANPMEWWDNRKNKRSPNYPDFKHKDTGEALWVEGRYNPPW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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