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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002271

染色体: Chr08 坐标: 20984685-20988617 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002271
名称SmilChr08G002271
描述leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向20984685 - 20988617 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001795
GeneID131001795
locus_tag-
NCBI NameLOC131001795
原始查询SmilChr08G002271

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1
产物leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1
ArabidopsisAT5G65700 (BAM1)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836699]
identity=77.7; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0134200 (OsRLCK222)
-
identity=70.6; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001795

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057784371.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784371.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784371.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784371.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784371.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:20984923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr8:20984925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr8:20984983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C59
Chr8:20984987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:20984992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C58
Chr8:20985035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B129,B32
Chr8:20985045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr8:20985047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B32
Chr8:20985059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B122,C16,C42
Chr8:20985060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr8:20985061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr8:20985083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B131,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784371.1
1010 aa
N
1
505
1010
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 31-69 aa PF23598 LRR_14 117-225 aa PF00560 LRR_1 146-164 aa PF00560 LRR_1 170-191 aa PF00560 LRR_1 194-216 aa PF00560 LRR_1 291-313 aa PF00560 LRR_1 315-337 aa PF00560 LRR_1 340-360 aa PF00560 LRR_1 363-384 aa PF00560 LRR_1 556-577 aa PF00069 Pkinase 699-966 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 699-968 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784371.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 69 3.6e-14 53.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057784371.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 117 225 2.2e-33 116.2 Leucine-rich repeat region
XP_057784371.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 146 164 3.1e-48 152.0 Leucine Rich Repeat
XP_057784371.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 170 191 3.1e-48 152.0 Leucine Rich Repeat
XP_057784371.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 194 216 3.1e-48 152.0 Leucine Rich Repeat
XP_057784371.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 291 313 3.1e-48 152.0 Leucine Rich Repeat
XP_057784371.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 315 337 3.1e-48 152.0 Leucine Rich Repeat
XP_057784371.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 340 360 3.1e-48 152.0 Leucine Rich Repeat
XP_057784371.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 363 384 3.1e-48 152.0 Leucine Rich Repeat
XP_057784371.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 556 577 3.1e-48 152.0 Leucine Rich Repeat
XP_057784371.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 699 966 1.1e-44 153.5 Protein kinase domain
XP_057784371.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 699 968 8.7e-44 150.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928388.1
TCACATATACCCAAAAGAGAAAAGGACAAAAAAGGGAAAAAATGAAAAAAGTAATAAAGATGAATATACTCTCGCGCATACTCACACTTCCCTTCACCCCCTCTTCTTTTTAGCTCACTTCACTCAACCACTTCAGTCCTCACACCCCCCACCCCACCCCCCCTCCCCACCCTATCCTCTTCTCCTTCTTCAAAAGCACAAACTTACATAAATAATACAGTGAGACAAAATATGGACAGGCTGCACAAAATGCGTTTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001795
ATGGACAGGCTGCACAAAATGCGTTTCCTCTTACTTTTCCTCCTGGTCCTCCACCTCCATCTCCGCCGCTGCTCCGCCGCGCGGATGCCGGAGTCCCGCGCCTTGCTCTCAATCAAAGCCGCCATCACCGACGACCCCCAATCCGCGCTGGAGTCGTGGAACCCTAACAACACCAACCACTGCACTTGGAAGGGGGTCACCTGCGACCGCTCCGGCCGCCACGTCATCGCCGTCGACATCTCCGAACTCAGCCTCACCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784371.1
MDRLHKMRFLLLFLLVLHLHLRRCSAARMPESRALLSIKAAITDDPQSALESWNPNNTNHCTWKGVTCDRSGRHVIAVDISELSLTGTLSPDIGHLRFLLNFSAGANSISGPVPPSISDIPNLRFLNLSNNIFNLSFPPQLYRLRNLEVLDLYNNNITGEFPKQVHLLANLRHLHLGGNFFSGEMPSEFGTFQHLEYLAVSGNELTGAIPPEIGNLTQLKELYIGYFNVFTGGLPKEIGNLSQLVRFDAASCGLTGEIPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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