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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002276

染色体: Chr08 坐标: 21160962-21162335 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002276
名称SmilChr08G002276
描述uncharacterized SmilChr08G002276
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向21160962 - 21162335 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001801
GeneID131001801
locus_tag-
NCBI NameLOC131001801
原始查询SmilChr08G002276

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836837]; symbol=AT5G67020; hit=AT5G67020; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836837]; symbol=AT5G67020; hit=AT5G67020; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G67020 (AT5G67020)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836837]
identity=33.2; qcov=1.05; evalue=3.56e-46; confidence=low
RiceOs09g0456700
-
identity=33.5; qcov=1.02; evalue=3.7e-40; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784377.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057784377.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057784377.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784377.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784377.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:21161341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr8:21161461 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 D5
Chr8:21161461 CCG C 2bp_deletion CDS_variant 1 D5
Chr8:21161492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C15
Chr8:21161594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A7,B135,C33
Chr8:21161892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C70,C86
Chr8:21161895 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B132
Chr8:21161895 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B132
Chr8:21161906 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C9
Chr8:21162080 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C65
Chr8:21162080 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 C65
Chr8:21162083 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928394.1
AAGAAGCGATTAAAATGGGAAATAGTTTGGATTAGGTAGTGAGGTAATATTAAAATGATTTTAAGAAAATCAAAGATAAAAACAAATCCAACGGCCAAGAGAAGAGACGGAGTCAAAAACTTCGTTTCTATATTCCAATCCTCTAAGCTCGATCAAGTCAAAATGGAAGCCGATTTTCCTCCCGCGAATACTTGGTTTTGAGTCGAGAATCTGAGCTCTCCGCCAAACACGCCCCAAATACATATCTATACTATATCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001801
ATGGCGGTAGCGGTGGTAAACCACATGACTCTCCCCAACCCAAAACCCTCTCTCAGAGTCTGCTTCTCCTACGCGGCCTACGCCAAGAACGTCGTAAGCTACCTCCACTCCTCCAATATCCCCGTCGACGCCGGCCTCTCCGACTCCGAGTTCGCCGCCGTGGAGTCCGCCTTCAATTTCTCCTTCCCGCCGGACCTCCGCTCCATCCTCCAGGAGGGCCTCCCCGTGGGCCCCGGCTTCCCCAACTGGCGTTCCTCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784377.1
MAVAVVNHMTLPNPKPSLRVCFSYAAYAKNVVSYLHSSNIPVDAGLSDSEFAAVESAFNFSFPPDLRSILQEGLPVGPGFPNWRSSSNQQLDILTNLPILGICKEVSRNAFWLDSWGHRPPDADADRAALLARAFLKNAPPLVPIYRNFYIPSSPCAAGNPVFYVHGADVRVWSFDIAGFFQRVEFGSPRRTFFPSPAWAATEARRIEFWSELAEKRGEGTAARGWWSGALGGCLEEVCWRLRDGGWKEEDVREMMSGDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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