当前解析结果
SmilChr08G002282| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002282 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002282 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G002282 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 21230212 - 21231421 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001809 |
|---|---|
| GeneID | 131001809 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001809 |
| 原始查询 | SmilChr08G002282 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001809 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057784383.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057784383.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784383.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784383.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784383.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:21230314 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr8:21230316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B129,B15,B16,B60,C36 |
Chr8:21230320 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,B33 |
Chr8:21230352 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B36,C63 |
Chr8:21230353 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr8:21230391 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr8:21230475 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr8:21230480 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr8:21230554 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr8:21230571 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A14,A22,C41 |
Chr8:21230583 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 33 | A18,A21,B104,B122,B123,B125,B129,B131,B138,B27,B28,B4,B44,B5,B52,B62,B90,B91,B92,C18,C21,C44,C47,C54,C56,C67,C69,C73,C79,C80,C82,C86,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784383.1PF31073
DUF8803 22-81 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784383.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 22 | 81 | 3.2e-08 | 34.0 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。