当前解析结果
SmilChr08G002286| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002286 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002286 |
| 描述 | homeobox-leucine zipper protein HAT22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 21269476 - 21270997 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001812 |
|---|---|
| GeneID | 131001812 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001812 |
| 原始查询 | SmilChr08G002286 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | homeobox-leucine zipper protein HAT22-like |
| 产物 | homeobox-leucine zipper protein HAT22-like |
| Arabidopsis | AT4G37790 (HAT22)Homeobox-leucine zipper protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829935] identity=62.7; qcov=1.16; evalue=7.68e-101; confidence=high |
| Rice | Os04g0548700 (Oshox17)- identity=76; qcov=0.502; evalue=1.03e-58; confidence=medium |
| GO | GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00046 (Homeodomain); PF02183 (HALZ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001812 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784390.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784390.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784390.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784390.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057784390.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:21270013 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr8:21270444 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | A18,B1,B3,B46,B56,C21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784390.1PF00046
Homeodomain 98-152 aa
PF02183
HALZ 154-188 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784390.1 |
Pfam | PF00046 |
Homeodomain | Domain | 98 | 152 | 2.9e-16 | 59.7 | Homeodomain |
XP_057784390.1 |
Pfam | PF02183 |
HALZ | Coiled-coil | 154 | 188 | 4.4e-10 | 40.3 | Homeobox associated leucine zipper |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。