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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002292

染色体: Chr08 坐标: 21401964-21404205 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002292
名称SmilChr08G002292
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49710
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向21401964 - 21404205 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001818
GeneID131001818
locus_tag-
NCBI NameLOC131001818
原始查询SmilChr08G002292

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49710
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49710
ArabidopsisAT3G49710 (AT3G49710)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824133]
identity=56; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0106300
-
identity=36.8; qcov=1.02; evalue=1.81e-165; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001818

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057784399.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784399.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784399.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784399.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784399.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:21402078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B29,B95
Chr8:21402152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr8:21402198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr8:21402680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:21402716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,B8,B96
Chr8:21402794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B129,B132,C21,C44
Chr8:21402860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B47,B55,C53,C61
Chr8:21402908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:21402981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B30,C59,C77,C81
Chr8:21402986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B38,C46,C8
Chr8:21402987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr8:21403009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B41,C11,C69,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784399.1
719 aa
N
1
360
719
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 75-98 aa PF01535 PPR 106-121 aa PF01535 PPR 177-199 aa PF01535 PPR 206-233 aa PF13041 PPR_2 305-354 aa PF01535 PPR 308-338 aa PF01535 PPR 383-409 aa PF13041 PPR_2 409-457 aa PF01535 PPR 411-441 aa PF01535 PPR 446-473 aa PF01535 PPR 484-507 aa PF20431 E_motif 528-588 aa PF14432 DYW_deaminase 624-719 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784399.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 75 98 6e-51 167.9 PPR repeat
XP_057784399.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 106 121 6e-51 167.9 PPR repeat
XP_057784399.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 177 199 6e-51 167.9 PPR repeat
XP_057784399.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 206 233 6e-51 167.9 PPR repeat
XP_057784399.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 305 354 2.6e-57 191.4 PPR repeat family
XP_057784399.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 308 338 6e-51 167.9 PPR repeat
XP_057784399.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 383 409 6e-51 167.9 PPR repeat
XP_057784399.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 409 457 2.6e-57 191.4 PPR repeat family
XP_057784399.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 411 441 6e-51 167.9 PPR repeat
XP_057784399.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 446 473 6e-51 167.9 PPR repeat
XP_057784399.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 484 507 6e-51 167.9 PPR repeat
XP_057784399.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 528 588 3.3e-18 66.4 E motif
XP_057784399.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 624 719 4.6e-36 123.2 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928416.1
ATGACCCAAATTTCATGGATAGTGCAAAATTTCCGGCATATTTTGAAATCGTGCATAGATAGGAGGGACATCGCCACCGGAAAATGCTTACACGTACTTTACATCAAGTCTGTCGTTCCACACCTTACCTACATTTCCAACCACTTCACTCTCCTCTACTCCAAATGCCGCCGTCTCTCCGACGCCCGCAACGCCTTCCACGCCACCCTCGCCCCCAACGTCTTCTCCTTCAACGTCATGATCCACGCCTATGCTAAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001818
ATGACCCAAATTTCATGGATAGTGCAAAATTTCCGGCATATTTTGAAATCGTGCATAGATAGGAGGGACATCGCCACCGGAAAATGCTTACACGTACTTTACATCAAGTCTGTCGTTCCACACCTTACCTACATTTCCAACCACTTCACTCTCCTCTACTCCAAATGCCGCCGTCTCTCCGACGCCCGCAACGCCTTCCACGCCACCCTCGCCCCCAACGTCTTCTCCTTCAACGTCATGATCCACGCCTATGCTAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784399.1
MTQISWIVQNFRHILKSCIDRRDIATGKCLHVLYIKSVVPHLTYISNHFTLLYSKCRRLSDARNAFHATLAPNVFSFNVMIHAYAKESLPHLAHHLFDTIPQPDLISYNTLIAAYAECGQPCPALELLLGARDSGLGIDGFTFSAVVAASCDDVGLIKQLHSWALSGGFDGYASVSNALISGYSRNGCLREAERVFRHMGVVKDEVSWNSMIVVYAQKRQGLKALDLYQKMMDQELYVDISSLASILNAFTSLEDVRGGM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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