同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002298

染色体: Chr08 坐标: 21490526-21493108 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G002298
名称SmilChr08G002298
描述AP2-like ethylene-responsive transcription factor ANT
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向21490526 - 21493108 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001825
GeneID131001825
locus_tag-
NCBI 名称LOC131001825
原始查询SmilChr08G002298

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AP2-like ethylene-responsive transcription factor ANT
产物AP2-like ethylene-responsive transcription factor ANT
拟南芥AT4G37750 (ANT)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829931]
identity=52.73; qcov=0.985; evalue=1.24e-169; confidence=high
水稻Os03g0232200 (OsPLT9)
-
identity=59.32; qcov=0.786; evalue=8.9e-144; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001825

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞核 1.00000 XP_057784407.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:21490760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C77
Chr8:21490826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:21490954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:21491164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr8:21491595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr8:21492016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr8:21492078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B111,B21
Chr8:21492308 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 45 A10,A13,A14,A15,A19,A6,B109,B123,B126,B13,B2,B25,B26,B29,B33,B46,B48,B50,B55,B56,B62,B67,B72,B75,B76,B79,B8,B80,B94,B96,C14,C27,C33,C4,C43,C44,C45,C46,C51,C62,C81,C86,D5,D6,D8
Chr8:21492316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784407.1
468 aa
N
1
234
468
AP2
C
PF00847 AP2 216-274 aa
XP_057784408.1
467 aa
N
1
234
467
AP2
AP2
C
PF00847 AP2 216-274 aa PF00847 AP2 319-368 aa
XP_057784409.1
464 aa
N
1
232
464
AP2
C
PF00847 AP2 212-270 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057784407.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 216 274 7.5e-20 71.7 AP2 domain
XP_057784408.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 216 274 3.5e-22 79.2 AP2 domain
XP_057784408.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 319 368 3.5e-22 79.2 AP2 domain
XP_057784409.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 212 270 7.3e-20 71.7 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928424.1
AAAGCAAAAGATAATGTCTTTCTCAAGCACGGATCCCTATGGAATGCTGGAACGATGCCCAGCATTGCTTGCTGGAACTCATTCTTTTTGTTTAGTTTAAAGGGCCTTGCTTTGCTCTGTTTAGAGAGAGAAAAAGCAAAAGAAAGAGACCATAGATTCAGCGATGATCAGCAGAGGATGATAGATTTTGGAGTAGATTTTGTTTCTATACTCAACTCAAGTCTGCAGCTATAAAACAAAACAAACGCAGCTGCTTCAGA...
XM_057928426.1
AAAAGATAATGTCTTTCTCAAGCACGGATCCCTATGGAATGCTGGAACGATGCCCAGCATTGCTTGCTGGAACTCATTCTTTTTGTTTAGTTTAAAGGGCCTTGCTTTGCTCTGTTTAGAGAGAGAAAAAGCAAAAGAAAGAGACCATAGATTCAGCGATGATCAGCAGAGGATGATAGATTTTGGAGTAGATTTTGTTTCTATACTCAACTCAAGTCTGCAGCTATAAAACAAAACAAACGCAGCTGCTTCAGAATTGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057784409.1_43335
ATGGGTGACGAAAGTAACAACAACAACTGGTTGGGATTCTCCCTCTCATCTGCAAGTCCAAGTCCAAGTCCAAGCATGGATCACTCCCAGCCCTGCTCTAACGCCGTCTCCACTCCCGTCCCCGTTAACTTCTCCTCTGCTTTCAACTATCCCGGATTCTGCTACGACACCCCTACCTTCTACTCCCATTTAACTGTCATGCCACTCAAATCCGACGGCTCCTTGTGCTTGATGGAAGCCATCAACCGCTCACAACCACA...
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057784408.1_43336
ATGGGTGACGAAAGTAACAACAACAACTGGTTGGGATTCTCCCTCTCATCTGCAAGTCCAAGTCCAAGTCCAAGCATGGATCACTCCCAGCCCTGCTCTAACGCCGTCTCCACTCCCGTCCCCGTTAACTTCTCCTCTGCTTTCAACTATCCCGGATTCTGCTACGACACCCCTACCTTCTACTCCCATTTAACTGTCATGCCACTCAAATCCGACGGCTCCTTGTGCTTGATGGAAGCCATCAACCGCTCACAACCACA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057784407.1
MGDESNNNNWLGFSLSSASPSPSPSMDHSQPCSNAVSTPVPVNFSSAFNYPGFCYDTPTFYSHLTVMPLKSDGSLCLMEAINRSQPQEKTAAPKLEDFFGGATMALSLDSMYYHSNPQSSNVLDFLNSDNHHHLQLQEYPHYSAQEMYKEADDGSMGYGELQTLSLSMSPGSQSSCVTAIPAVPDLENKKRGQDKVDQKQIVHRKSIDTFGQRTSQYRGVTRHRWTGRYEAHLWDNSCKKEGQSRKGRQVYLGGYDMEEK...
XP_057784408.1
MGDESNNNNWLGFSLSSASPSPSPSMDHSQPCSNAVSTPVPVNFSSAFNYPGFCYDTPTFYSHLTVMPLKSDGSLCLMEAINRSQPQEKTAAPKLEDFFGGATMALSLDSMYYHSNPQSSNVLDFLNSDNHHHLQLQEYPHYSAQEMYKEADDGSMGYGELQTLSLSMSPGSQSSCVTAIPAVPDLENKKRGQDKVDQKQIVHRKSIDTFGQRTSQYRGVTRHRWTGRYEAHLWDNSCKKEGQSRKGRQVYLGGYDMEEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器