当前解析结果
SmilChr08G002298| 统一基因 ID | SmilChr08G002298 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002298 |
| 描述 | AP2-like ethylene-responsive transcription factor ANT |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 21490526 - 21493108 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001825 |
|---|---|
| GeneID | 131001825 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC131001825 |
| 原始查询 | SmilChr08G002298 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | AP2-like ethylene-responsive transcription factor ANT |
| 产物 | AP2-like ethylene-responsive transcription factor ANT |
| 拟南芥 | AT4G37750 (ANT)Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829931] identity=52.73; qcov=0.985; evalue=1.24e-169; confidence=high |
| 水稻 | Os03g0232200 (OsPLT9)- identity=59.32; qcov=0.786; evalue=8.9e-144; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001825 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784407.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:21490760 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C77 |
Chr8:21490826 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr8:21490954 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr8:21491164 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr8:21491595 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr8:21492016 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr8:21492078 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B111,B21 |
Chr8:21492308 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 45 | A10,A13,A14,A15,A19,A6,B109,B123,B126,B13,B2,B25,B26,B29,B33,B46,B48,B50,B55,B56,B62,B67,B72,B75,B76,B79,B8,B80,B94,B96,C14,C27,C33,C4,C43,C44,C45,C46,C51,C62,C81,C86,D5,D6,D8 |
Chr8:21492316 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784407.1PF00847
AP2 216-274 aa
XP_057784408.1PF00847
AP2 216-274 aa
PF00847
AP2 319-368 aa
XP_057784409.1PF00847
AP2 212-270 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784407.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 216 | 274 | 7.5e-20 | 71.7 | AP2 domain |
XP_057784408.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 216 | 274 | 3.5e-22 | 79.2 | AP2 domain |
XP_057784408.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 319 | 368 | 3.5e-22 | 79.2 | AP2 domain |
XP_057784409.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 212 | 270 | 7.3e-20 | 71.7 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。