当前解析结果
SmilChr08G002307| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002307 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002307 |
| 描述 | ACT domain-containing protein ACR1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 21737428 - 21740790 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001830 |
|---|---|
| GeneID | 131001830 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001830 |
| 原始查询 | SmilChr08G002307 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ACT domain-containing protein ACR1 |
| 产物 | ACT domain-containing protein ACR1 |
| Arabidopsis | AT5G65890 (ACR1)ACT domain repeat 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836718] identity=52; qcov=1.06; evalue=1.33e-162; confidence=high |
| Rice | Os03g0729800 (OsSTA113)- identity=41.8; qcov=1.17; evalue=4.7e-125; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01842 (ACT); PF26956 (ACT_ACR_D1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001830 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057784415.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057784415.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057784415.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784415.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784415.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:21738972 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B51 |
Chr8:21739523 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C34,C52,C65 |
Chr8:21739943 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C49,C63,C67 |
Chr8:21740049 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B30 |
Chr8:21740049 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr8:21740162 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:21740511 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B91,C34,C52,C58 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784415.1PF26956
ACT_ACR_D1 34-108 aa
PF01842
ACT 39-92 aa
PF26956
ACT_ACR_D1 276-327 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784415.1 |
Pfam | PF26956 |
ACT_ACR_D1 | Domain | 34 | 108 | 1.2e-53 | 179.6 | ACR family N-terminal ACT domain |
XP_057784415.1 |
Pfam | PF01842 |
ACT | Domain | 39 | 92 | 3.9e-29 | 100.7 | ACT domain |
XP_057784415.1 |
Pfam | PF26956 |
ACT_ACR_D1 | Domain | 276 | 327 | 1.2e-53 | 179.6 | ACR family N-terminal ACT domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。