当前解析结果
SmilChr08G002309| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002309 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002309 |
| 描述 | CMP-sialic acid transporter 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 21770756 - 21773893 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001832 |
|---|---|
| GeneID | 131001832 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001832 |
| 原始查询 | SmilChr08G002309 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | CMP-sialic acid transporter 1 |
| 产物 | CMP-sialic acid transporter 1 |
| Arabidopsis | AT5G41760 (AT5G41760)Nucleotide-sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834180] identity=77.8; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0523400 (CSTLP1)- identity=79.1; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0015165 (pyrimidine nucleotide-sugar transmembrane transporter activity); GO:0090481 (pyrimidine nucleotide-sugar transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04142 (Nuc_sug_transp); PF08449 (UAA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001832 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057784417.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057784417.1 |
| 3 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057784417.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784417.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784417.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:21771143 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr8:21771728 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,C21,C36 |
Chr8:21773367 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr8:21773457 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784417.1PF04142
Nuc_sug_transp 4-303 aa
PF08449
UAA 45-304 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784417.1 |
Pfam | PF04142 |
Nuc_sug_transp | Family | 4 | 303 | 9.3e-58 | 196.5 | Nucleotide-sugar transporter |
XP_057784417.1 |
Pfam | PF08449 |
UAA | Family | 45 | 304 | 4.1e-07 | 30.2 | UAA transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。