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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002309

染色体: Chr08 坐标: 21770756-21773893 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002309
名称SmilChr08G002309
描述CMP-sialic acid transporter 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向21770756 - 21773893 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001832
GeneID131001832
locus_tag-
NCBI NameLOC131001832
原始查询SmilChr08G002309

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CMP-sialic acid transporter 1
产物CMP-sialic acid transporter 1
ArabidopsisAT5G41760 (AT5G41760)
Nucleotide-sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834180]
identity=77.8; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0523400 (CSTLP1)
-
identity=79.1; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0015165 (pyrimidine nucleotide-sugar transmembrane transporter activity); GO:0090481 (pyrimidine nucleotide-sugar transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF04142 (Nuc_sug_transp); PF08449 (UAA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001832

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057784417.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057784417.1
3 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057784417.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784417.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784417.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:21771143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr8:21771728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,C21,C36
Chr8:21773367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr8:21773457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784417.1
335 aa
N
1
168
335
Nuc_sug_transp
UAA
C
PF04142 Nuc_sug_transp 4-303 aa PF08449 UAA 45-304 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784417.1 Pfam PF04142 Nuc_sug_transp Family 4 303 9.3e-58 196.5 Nucleotide-sugar transporter
XP_057784417.1 Pfam PF08449 UAA Family 45 304 4.1e-07 30.2 UAA transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928434.1
AAACCTAGGGGTTTCTTTTCCGAATTTCCAAAATTAAAGGGGCACAATCAGAATTTCTCACGCAAGATCAAATCCGCTCTCAATCCTGATGTACGAGTGAGCAATTTTACAGTGTGGTGCAGCGTGAAGGGGAGAAGAAGATGCAGTGGTACGTCGTCGCTTCAGTCCTCACCATTCTCACAAGCTCTCAGGGAATATTGACGACATTATCTCAGAGTAACGGCGGGTACAAGTATGACTATGCCACTGTGCCTTTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001832
ATGCAGTGGTACGTCGTCGCTTCAGTCCTCACCATTCTCACAAGCTCTCAGGGAATATTGACGACATTATCTCAGAGTAACGGCGGGTACAAGTATGACTATGCCACTGTGCCTTTTCTTGCTGAAGTTTTTAAGCTAATTGTGTCTAGTATGATGCTGTGGAGAGAATGCCAGGCATCACCTCCTCCTAAAATCACGACTGAGTGGAGAAGTGTTCGATTGTATCCGATTCCATCAGTCATATACCTCATTCACAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784417.1
MQWYVVASVLTILTSSQGILTTLSQSNGGYKYDYATVPFLAEVFKLIVSSMMLWRECQASPPPKITTEWRSVRLYPIPSVIYLIHNNVQFATLTYVDTSTYQIMGNLKIVTTGILFRLFLRRKLSNLQWMAIFLLAIGTTTSQVKGCGETSCESLFSSPIQGYMLGVLSACLSALAGVYTEFLMKKNNDSLYWQNIQLYTFGAIFNMAKLATDDFRSGFENGPWWQRLFNGYSLTTWLVVLNLGSTGLLVSWLMKYADNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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