Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002326`

染色体: Chr08 坐标: 21933092-21934625 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002326`
名称	SmilChr08G002326
描述	expansin-A15-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21933092 - 21934625 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998191`
GeneID	`130998191`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998191`
原始查询	`SmilChr08G002326`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	expansin-A15-like
产物	expansin-A15-like
Arabidopsis	`AT2G03090` (EXPA15) expansin A15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814838] identity=75.6; qcov=0.755; evalue=4.33e-64; confidence=high
Rice	`Os02g0744200` (OsEXPA5) - identity=68.2; qcov=0.773; evalue=1.32e-55; confidence=high
GO	GO:0005576 (extracellular region); GO:0009664 (plant-type cell wall organization)
KEGG	-
Pfam	PF03330 (DPBB_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998191

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057779605.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779605.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779605.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779605.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779605.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21933527`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:21933539`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C45,C60
`Chr8:21933544`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,D11
`Chr8:21933564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B129,C21,C44
`Chr8:21933564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,C21,C44
`Chr8:21933583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B52,B72,C61,C70,C86
`Chr8:21933589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C83
`Chr8:21934159`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B41,B70,B72,C36
`Chr8:21934172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:21934250`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B123,C11,C69
`Chr8:21934253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr8:21934270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779605.1

163 aa

163

DPBB_1

PF03330 DPBB_1 28-110 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779605.1`	Pfam	`PF03330`	DPBB_1	Domain	28	110	1.2e-19	71.0	Lytic transglycolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923622.1
ATGGCCTTCATCGGCTCGTGCGGGTACGGGAACCTCTACAGCCAGGGGTACGACACGAACACCGCCGCGCTTAGGGGTGTAACCGCGCTGACCACGGCCCTGTTCAACAACGGCCTCAACTGTGGCTCTTGCCACGAGATCCGGTGCGCCAGCGAGAAGCAGTGGTGCCTCCCCAGTTCAATCACGGTGACCGCCACCAACTTCTGCCCGCCGAACAACGCCCTTCCCAACAATACCAGCGGCTGGTGCAACCCTCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998191
ATGGCCTTCATCGGCTCGTGCGGGTACGGGAACCTCTACAGCCAGGGGTACGACACGAACACCGCCGCGCTTAGGGGTGTAACCGCGCTGACCACGGCCCTGTTCAACAACGGCCTCAACTGTGGCTCTTGCCACGAGATCCGGTGCGCCAGCGAGAAGCAGTGGTGCCTCCCCAGTTCAATCACGGTGACCGCCACCAACTTCTGCCCGCCGAACAACGCCCTTCCCAACAATACCAGCGGCTGGTGCAACCCTCTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779605.1
MAFIGSCGYGNLYSQGYDTNTAALRGVTALTTALFNNGLNCGSCHEIRCASEKQWCLPSSITVTATNFCPPNNALPNNTSGWCNPLLHHFDLSQPVFQHIAQYKAGIVPVYCRRVACNRKGGIRFTITVPSPPVSTSGNNSESRRRFPSLFPTLSLASPHRSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器