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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002329

染色体: Chr08 坐标: 21957293-21958290 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002329
名称SmilChr08G002329
描述glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向21957293 - 21958290 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998193
GeneID130998193
locus_tag-
NCBI NameLOC130998193
原始查询SmilChr08G002329

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T3-like
产物glutathione S-transferase T3-like
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=29.2; qcov=0.569; evalue=5.11e-13; confidence=low
RiceOs11g0303800
-
identity=27.5; qcov=0.569; evalue=8.04e-12; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779607.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779607.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779607.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779607.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779607.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:21957342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B54,B63,D3
Chr8:21957347 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 10 B104,B136,B47,B85,C18,C27,C45,C51,C58,C79
Chr8:21957412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:21957427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A3,B131,B40,C28
Chr8:21957519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:21957525 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 29 A4,B110,B125,B140,B16,B18,B21,B25,B47,B6,B63,B8,B82,B85,B91,B95,C10,C12,C14,C15,C18,C29,C63,C64,C65,C66,C70,C72,D5
Chr8:21957579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A3,B40,C28
Chr8:21957592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:21957627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:21957633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B17,B73,C82
Chr8:21957646 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 18 A13,B125,B27,B34,B38,B39,B40,B49,B59,B6,B63,B86,B91,B99,C15,C26,C33,D7
Chr8:21957654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A25,B48,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923624.1
ATGGACCCAAGAAATTTCTTCTCAAATTCTCCAAATATGATGAACTCTCAAAATTATTCTCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTCATATCCAAGATTTTGAAAACAATTCCAACCCCCAGTTTCCAAATAATCTCACTCATGAAAATGTCCAACCTACAGACACAAACAATTCAGGTGGTCCAAAAGGATGGACAGATCAAGAAGACTTGGCGCTAATGTATGCTTGGTGTAACGCTAGCTCGAATCCAATTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998193
ATGGACCCAAGAAATTTCTTCTCAAATTCTCCAAATATGATGAACTCTCAAAATTATTCTCAAGATTATTATCCTAATCTTGATAATATTCATATCCAAGATTTTGAAAACAATTCCAACCCCCAGTTTCCAAATAATCTCACTCATGAAAATGTCCAACCTACAGACACAAACAATTCAGGTGGTCCAAAAGGATGGACAGATCAAGAAGACTTGGCGCTAATGTATGCTTGGTGTAACGCTAGCTCGAATCCAATTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779607.1
MDPRNFFSNSPNMMNSQNYSQDYYPNLDNIHIQDFENNSNPQFPNNLTHENVQPTDTNNSGGPKGWTDQEDLALMYAWCNASSNPIVGTNQNGGTFWKQISEMYEEARADHSRLMGEKRSIESLRNRYKRLNTNVTKWVAVYKEAYDRKSSGISDADVEKEAQKLYGKTKFTHLEVFEKVMLEYDDDVGVEDDRGSSKKSRTTEEAEDPNDSTSETHVSETSTIRRPAGREKAKAKRKGKATVSQHSAIPDEYTAELQAM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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