当前解析结果
SmilChr08G002340| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002340 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002340 |
| 描述 | BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 22086832 - 22089718 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001860 |
|---|---|
| GeneID | 131001860 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001860 |
| 原始查询 | SmilChr08G002340 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 4 |
| 产物 | BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 4 |
| Arabidopsis | AT5G67480 (BT4)BTB and TAZ domain protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836884] identity=56.3; qcov=0.957; evalue=1.45e-146; confidence=high |
| Rice | Os01g0893400- identity=52.3; qcov=0.943; evalue=1.4e-133; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00651 (BTB); PF02135 (zf-TAZ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001860 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057784469.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057784469.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057784469.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784469.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784469.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:22087708 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,A3,B131,B40,C28 |
Chr8:22088054 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,A3,B129,B132,B91 |
Chr8:22088065 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,C13 |
Chr8:22088068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | A23 |
Chr8:22088068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr8:22089212 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:22089432 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:22089463 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B30,C39,C59,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784469.1PF00651
BTB 49-158 aa
PF02135
zf-TAZ 244-329 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784469.1 |
Pfam | PF00651 |
BTB | Domain | 49 | 158 | 4.5e-12 | 46.8 | BTB/POZ domain |
XP_057784469.1 |
Pfam | PF02135 |
zf-TAZ | Family | 244 | 329 | 1e-12 | 49.0 | TAZ zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。