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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002344

染色体: Chr08 坐标: 22146208-22149175 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002344
名称SmilChr08G002344
描述AP2-like ethylene-responsive transcription factor BBM2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22146208 - 22149175 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001867
GeneID131001867
locus_tag-
NCBI NameLOC131001867
原始查询SmilChr08G002344

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AP2-like ethylene-responsive transcription factor BBM2
产物AP2-like ethylene-responsive transcription factor BBM2
ArabidopsisAT5G17430 (BBM)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831609]
identity=55; qcov=0.873; evalue=1.86e-130; confidence=high
RiceOs04g0504500 (OsPLT4)
-
identity=51.6; qcov=0.987; evalue=3.27e-130; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001867

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784477.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784477.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784477.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784477.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057784477.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22146493 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 22 A11,A16,A8,B105,B106,B119,B133,B14,B21,B29,B43,B7,B74,B80,B89,B97,C14,C36,C76,C8,C83,D8
Chr8:22146502 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 22 A11,A14,A16,A8,B105,B106,B119,B133,B14,B21,B29,B43,B7,B74,B80,B89,B97,C14,C36,C76,C8,D8
Chr8:22146503 A AAC 2bp_insertion frameshift_variant 22 A11,A14,A16,A8,B105,B106,B119,B133,B14,B21,B29,B43,B7,B74,B80,B89,B97,C14,C36,C76,C8,D8
Chr8:22146504 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 23 A11,A14,A16,A8,B100,B105,B106,B119,B133,B14,B21,B29,B43,B7,B74,B80,B89,B97,C14,C36,C76,C8,D8
Chr8:22146519 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 21 A11,A14,A16,A8,B100,B105,B106,B133,B14,B21,B29,B43,B7,B74,B80,B97,C14,C36,C76,C8,D8
Chr8:22146525 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 21 A11,A14,A16,A8,B100,B105,B106,B133,B14,B21,B29,B43,B7,B74,B80,B97,C14,C36,C76,C8,D8
Chr8:22146540 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 22 A11,A14,A16,A8,B100,B105,B106,B133,B14,B21,B29,B43,B7,B74,B80,B97,C14,C36,C76,C8,D4,D8
Chr8:22146543 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 22 A11,A14,A16,A8,B100,B105,B106,B133,B14,B21,B29,B43,B7,B74,B80,B97,C14,C36,C76,C8,D4,D8
Chr8:22146550 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 12 A14,B105,B133,B14,B16,B21,B29,B43,B7,B74,C14,C36
Chr8:22146589 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 6 A14,B100,B106,B29,B43,C8
Chr8:22146596 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B100,B106,C12,C8
Chr8:22146596 AT A 1bp_deletion CDS_variant 4 B100,B106,C12,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784477.1
476 aa
N
1
238
476
AP2
AP2
C
PF00847 AP2 192-249 aa PF00847 AP2 294-343 aa
XP_057784478.1
473 aa
N
1
236
473
AP2
C
PF00847 AP2 291-340 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784477.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 192 249 3.5e-22 79.2 AP2 domain
XP_057784477.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 294 343 3.5e-22 79.2 AP2 domain
XP_057784478.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 291 340 1.2e-18 67.8 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928494.1
GGGATCAGTGTCTTTGTCTGCCCTTAAACTACAAGGCACCCCATTCATGACCAACAAAATCAAGAGAGAGAAAGAGAGTGTTTATGTGTGTGTGTGTTTAAATCTTGCACTTTGCTTTGGAACAAATTATCTCTAATTTAATTTCCTCATAACCTTTCCCCTTCCCCATCTTCATTAACTAGCTCCACAATTCATGCACCAAACAGTTGTACCCCAAACTACAGACCTTGTACCATTTCTCAAGAAACAAACATGGATGC...
XM_057928495.1
GGGATCAGTGTCTTTGTCTGCCCTTAAACTACAAGGCACCCCATTCATGACCAACAAAATCAAGAGAGAGAAAGAGAGTGTTTATGTGTGTGTGTGTTTAAATCTTGCACTTTGCTTTGGAACAAATTATCTCTAATTTAATTTCCTCATAACCTTTCCCCTTCCCCATCTTCATTAACTAGCTCCACAATTCATGCACCAAACAGTTGTACCCCAAACTACAGACCTTGTACCATTTCTCAAGAAACAAACATGGATGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001867
ATGGATGCCATGAATAACTGGTTAGGGTTCTCTCTCTCGTCAAATCAAGATTACCACCCACAAAACTCATCAGTTTCTGAACTAGGGTTTCACTCAGATCATGAACAAATGTCGACCCATGAATGCTTTGCAATTGATCTCACACCTCCTTCCATTTTCGAAGCTTTCAACACAAACCCTCCATCTCAAGATTGGAATGTGAATGATGATAGCCGCATCAACTCCTTCTCATGCAACCAAAATCAAGAAACTCCAAAACT...
LOC131001867
ATGGATGCCATGAATAACTGGTTAGGGTTCTCTCTCTCGTCAAATCAAGATTACCACCCACAAAACTCATCAGTTTCTGAACTAGGGTTTCACTCAGATCATGAACAAATGTCGACCCATGAATGCTTTGCAATTGATCTCACACCTCCTTCCATTTTCGAAGCTTTCAACACAAACCCTCCATCTCAAGATTGGAATGTGAATGATGATAGCCGCATCAACTCCTTCTCATGCAACCAAAATCAAGAAACTCCAAAACT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784477.1
MDAMNNWLGFSLSSNQDYHPQNSSVSELGFHSDHEQMSTHECFAIDLTPPSIFEAFNTNPPSQDWNVNDDSRINSFSCNQNQETPKLENFLEVGGQSFAVDHHSMIDGGSSHNMGLSMIKNWLRSHATPAPAADDKPVDEAPPEPSRGHTLSLSMSTSSQSSDNKLCGGGGGAVESVPRKSIETFGQRTSIYRGVTRHRWTGRYEAHLWDNSCRREGQTRKGRQVYLGGYDKEEKAARAYDLAALKYWGTTTTTNLPISN...
XP_057784478.1
MDAMNNWLGFSLSSNQDYHPQNSSVSELGFHSDHEQMSTHECFAIDLTPPSIFEAFNTNPPSQDWNVNDDSRINSFSCNQNQETPKLENFLEVGGQSFAVDHHSMIDGGSSHNMGLSMIKNWLRSHATPAPAADDKPVDEAPPEPSRGHTLSLSMSTSSQSSDNKLCGGGGGAVESVPRKSIETFGQRTSIYRGVTRHRWTGRYEAHLWDNSCRREGQTRKGRQGGYDKEEKAARAYDLAALKYWGTTTTTNLPISNYET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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