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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002345

染色体: Chr08 坐标: 22149439-22152775 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002345
名称SmilChr08G002345
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03100, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22149439 - 22152775 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001865
GeneID131001865
locus_tag-
NCBI NameLOC131001865
原始查询SmilChr08G002345

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03100, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03100%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G03100 (AT1G03100)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839573]
identity=60; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0422566
-
identity=52.2; qcov=0.933; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001865

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057784474.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784474.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784474.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784474.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784474.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22149989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr8:22150251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:22150255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:22150335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,B78
Chr8:22150550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr8:22150694 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr8:22150838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr8:22150966 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B94
Chr8:22150966 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B94
Chr8:22151085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C59
Chr8:22151976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B124,B25,B36,C65
Chr8:22152078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784474.1
762 aa
N
1
381
762
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 314-339 aa PF01535 PPR 473-498 aa PF01535 PPR 504-533 aa PF13812 PPR_3 523-568 aa PF01535 PPR 612-638 aa PF13041 PPR_2 612-655 aa
XP_057784476.1
671 aa
N
1
336
671
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 314-339 aa PF01535 PPR 473-498 aa PF01535 PPR 504-533 aa PF13812 PPR_3 523-568 aa PF01535 PPR 612-638 aa PF13041 PPR_2 612-655 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784474.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 339 8.3e-19 67.2 PPR repeat
XP_057784474.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 473 498 8.3e-19 67.2 PPR repeat
XP_057784474.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 504 533 8.3e-19 67.2 PPR repeat
XP_057784474.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 523 568 3.5e-17 62.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784474.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 612 638 8.3e-19 67.2 PPR repeat
XP_057784474.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 612 655 1.9e-24 86.2 PPR repeat family
XP_057784476.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 339 2.6e-18 65.6 PPR repeat
XP_057784476.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 473 498 2.6e-18 65.6 PPR repeat
XP_057784476.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 504 533 2.6e-18 65.6 PPR repeat
XP_057784476.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 523 568 6.5e-17 62.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784476.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 612 638 2.6e-18 65.6 PPR repeat
XP_057784476.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 612 655 3.9e-26 91.6 PPR repeat family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009094044.1
AACACTTTAATTTACATCTTAAAAAAATCCCATATTATCACAACTCTTCTGTCACTTAAAACTAGTATTTTCATACTTCACACTTGCAGTTGTTTTGGGACTGAACACCGTCGCTCCGCCACCGTTTCGCGCCCGACGGATAGCAGCCTACGCTGTTTAAGGTGATGATTTTTGGGTCCTGTTAGCTTTTCAGATGAAATGGTGCATCTAAGAAAAGTGAGCAGTCGAGCAACTGCGAATTACATTCTACAGAGTTTTCT...
XR_009094043.1
AACACTTTAATTTACATCTTAAAAAAATCCCATATTATCACAACTCTTCTGTCACTTAAAACTAGTATTTTCATACTTCACACTTGCAGTTGTTTTGGGACTGAACACCGTCGCTCCGCCACCGTTTCGCGCCCGACGGATAGCAGCCTACGCTGTTTAAGGTGATGATTTTTGGGTCCTGTTAGCTTTTCAGATGAAATGGTGCATCTAAGAAAAGTGAGCAGTCGAGCAACTGCGAATTACATTCTACAGAGTTTTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001865
ATGGTGCATCTAAGAAAAGTGAGCAGTCGAGCAACTGCGAATTACATTCTACAGAGTTTTCTTGATAGAATTTCTAAATGTCATTGCGTCGCTCAAAGGGGCTACAAGCCTTTTGCTTACTTACATGACCAAGATGGTGTCTTGATGCTTCGCCATGGGTTGGAACATTTTTCACACAATTTCTCAACTATGGCAGGGACGGTTTTGGTCCAGGCTCGAGACATAGGCAGGCTTCATGAGGAGTTAGAGAATGCAACTGA...
LOC131001865
ATGGTGCATCTAAGAAAAGTGAGCAGTCGAGCAACTGCGAATTACATTCTACAGAGTTTTCTTGATAGAATTTCTAAATGTCATTGCGTCGCTCAAAGGGGCTACAAGCCTTTTGCTTACTTACATGACCAAGATGGTGTCTTGATGCTTCGCCATGGGTTGGAACATTTTTCACACAATTTCTCAACTATGGCAGGGACGGTTTTGGTCCAGGCTCGAGACATAGGCAGGCTTCATGAGGAGTTAGAGAATGCAACTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784474.1
MVHLRKVSSRATANYILQSFLDRISKCHCVAQRGYKPFAYLHDQDGVLMLRHGLEHFSHNFSTMAGTVLVQARDIGRLHEELENATDEGKFNDAWDLHEKHMRMEGFARKSIMCKLIAGLTETLDIEWLEKAYGLVEKAFEEHKQTLFDREILVYLSLGLAKCGLPIPSSTLLRKLIEMEKFPPVTAWSAIIAYMSNSPSGAFLAAELVLEIGYKFHDGRVDPRKKCNEPLISMKPNATALNIALVGCLRFGITRKGEQL...
XP_057784476.1
MVHLRKVSSRATANYILQSFLDRISKCHCVAQRGYKPFAYLHDQDGVLMLRHGLEHFSHNFSTMAGTVLVQARDIGRLHEELENATDEGKFNDAWDLHEKHMRMEGFARKSIMCKLIAGLTETLDIEWLEKAYGLVEKAFEEHKQTLFDREILVYLSLGLAKCGLPIPSSTLLRKLIEMEKFPPVTAWSAIIAYMSNSPSGAFLAAELVLEIGYKFHDGRVDPRKKCNEPLISMKPNATALNIALVGCLRFGITRKGEQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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