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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002354

染色体: Chr08 坐标: 22273256-22273940 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002354
名称SmilChr08G002354
描述uncharacterized SmilChr08G002354
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22273256 - 22273940 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001876
GeneID131001876
locus_tag-
NCBI NameLOC131001876
原始查询SmilChr08G002354

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833636]; symbol=AT5G36710; hit=AT5G36800; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833636]; symbol=AT5G36710; hit=AT5G36800; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G36800 (AT5G36710)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833636]
identity=57.6; qcov=1.03; evalue=2.91e-65; confidence=high
RiceOs04g0496300
-
identity=52.9; qcov=0.955; evalue=3.6e-44; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057784490.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057784490.1
3 Endosome 内体 0.40000 XP_057784490.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057784490.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057784490.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22273508 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:22273548 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A7
Chr8:22273548 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A7
Chr8:22273604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B7,B80
Chr8:22273658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B47,B55,C61
Chr8:22273730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B60,B87
Chr8:22273762 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 48 A13,A20,A5,B103,B105,B109,B111,B118,B12,B125,B13,B134,B139,B15,B18,B19,B21,B22,B24,B34,B36,B41,B42,B43,B44,B46,B56,B57,B62,B7,B73,B80,B82,B96,C11,C15,C16,C20,C39,C43,C44,C53,C69,C71,C73,C79,C87,D11
Chr8:22273766 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 48 A13,A20,A5,B103,B105,B109,B111,B118,B12,B125,B13,B134,B139,B15,B18,B19,B21,B22,B24,B34,B36,B41,B42,B43,B44,B46,B56,B57,B62,B7,B73,B80,B82,B96,C11,C15,C16,C20,C39,C43,C44,C53,C69,C71,C73,C79,C87,D11
Chr8:22273770 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 48 A13,A20,A5,B103,B105,B109,B111,B118,B12,B125,B13,B134,B139,B15,B18,B19,B21,B22,B24,B34,B36,B41,B42,B43,B44,B46,B56,B57,B62,B7,B73,B80,B82,B96,C11,C15,C16,C20,C39,C43,C44,C53,C69,C71,C73,C79,C87,D11
Chr8:22273810 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 87 A1,A16,A2,A23,A3,A8,B10,B107,B108,B110,B112,B113,B120,B123,B126,B127,B128,B133,B134,B135,B14,B18,B19,B22,B23,B24,B28,B31,B33,B35,B37,B39,B4,B42,B43,B44,B54,B60,B64,B65,B70,B71,B72,B77,B87,B89,B9,B90,B92,B94,B95,B97,B99,C1,C12,C17,C18,C19,C2,C20,C22,C25,C27,C3,C4,C40,C41,C47,C48,C49,C5,C53,C55,C58,C60,C61,C62,C74,C76,C83,C87,C9,D2,D3,D4,D7,D8
Chr8:22273826 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B90
Chr8:22273826 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B90

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928507.1
CCCTGCCCTCCAACCATCTCTCTCTCTTCTTTTGCTAGGAAAAATGGGGTTGTCGATGGACAGCGGCGAGACGAGCCGCACCCACAAAGTGTTCCTGTTGACGAACTACATCCTCCTCGGCGCCGCGTCGAGCTGCATCTTCCTCACCCTCTCCCTCCGCCTGATCCCCTCCCTCGTGGGCGCCCTCCTCATCCTCCTCCACATCGTCACCATCGGCGGCGCCGTCTCCGGCTGCGCGGCGGCCAGGCGGCGCGTGGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001876
ATGGGGTTGTCGATGGACAGCGGCGAGACGAGCCGCACCCACAAAGTGTTCCTGTTGACGAACTACATCCTCCTCGGCGCCGCGTCGAGCTGCATCTTCCTCACCCTCTCCCTCCGCCTGATCCCCTCCCTCGTGGGCGCCCTCCTCATCCTCCTCCACATCGTCACCATCGGCGGCGCCGTCTCCGGCTGCGCGGCGGCCAGGCGGCGCGTGGGCGGCGGCAAGTTCTACGGCGCCCACATGGTGGCCACCGTCCTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784490.1
MGLSMDSGETSRTHKVFLLTNYILLGAASSCIFLTLSLRLIPSLVGALLILLHIVTIGGAVSGCAAARRRVGGGKFYGAHMVATVLTAIFQGSISVLIFTRPSDFLGRLKSYVREDDGVLILKLAGGLCVLIFCLEWAVLTLAFFLNYYAHVDVHGIHSAKVRDGDDLKTLPCPPLQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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