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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002358

染色体: Chr08 坐标: 22332944-22334278 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002358
名称SmilChr08G002358
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g67570, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22332944 - 22334278 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001875
GeneID131001875
locus_tag-
NCBI NameLOC131001875
原始查询SmilChr08G002358

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g67570, chloroplastic-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g67570%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G67570 (DG1)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836893]
identity=66.7; qcov=0.928; evalue=1.73e-78; confidence=high
RiceOs05g0315100
-
identity=61.3; qcov=0.928; evalue=3.6e-74; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0009507 (chloroplast); GO:0009658 (chloroplast organization)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001875

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057784488.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057784488.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784488.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784488.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784488.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22333333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:22333354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr8:22333361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B29,B95
Chr8:22333697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,C17
Chr8:22333762 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C29
Chr8:22333830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B14,C17,C29
Chr8:22333953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:22333971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,C45,C80
Chr8:22333981 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A2
Chr8:22333981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr8:22333985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C86
Chr8:22334016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784488.1
181 aa
N
1
90
181
PPR
PPR_3
PPR
C
PF01535 PPR 38-64 aa PF13812 PPR_3 116-167 aa PF01535 PPR 122-152 aa
XP_057784489.1
181 aa
N
1
90
181
PPR
PPR_3
PPR
C
PF01535 PPR 38-64 aa PF13812 PPR_3 116-167 aa PF01535 PPR 122-152 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784488.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 38 64 1.1e-11 44.9 PPR repeat
XP_057784488.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 116 167 2.3e-11 44.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784488.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 152 1.1e-11 44.9 PPR repeat
XP_057784489.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 38 64 1.1e-11 44.9 PPR repeat
XP_057784489.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 116 167 2.3e-11 44.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784489.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 152 1.1e-11 44.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928505.1
GGGAGCTGAGTGACATAATCGAGTGTGAGAGGGACCGGTTATCATGGCTCTTGGATGACGATGTTGAGGTTGAACAAGGATTGCTTCAGGAGAGGAATTGGGCGCCGCGGAAGCGGACTGAAGCCGAAGCAATCAAGCTTCTCATTGACAGACTGAGTGCAACTGAGCTGAGTGTGAAGGATTGGAAGTTTACGAGGACGATGAGGCACTCGGGCTTGCAGTATACAGAAAAGTAAATGTTGAAGATAGTTGAAGGGCTT...
XM_057928506.1
GAGAGGGACCGGTTATCATGGCTCTTGGATGACGATGTTGAGGTTGAACAAGGATTGCTTCAGGAGAGGAATTGGGCGCCGCGGAAGCGGACTGAAGCCGAAGCAATCAAGCTTCTCATTGACAGAATGAGTTTGTGTTTGGTAGACTGAGTGCAACTGAGCTGAGTGTGAAGGATTGGAAGTTTACGAGGACGATGAGGCACTCGGGCTTGCAGTATACAGAAAAGTAAATGTTGAAGATAGTTGAAGGGCTTGGGCAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001875
ATGTTGAAGATAGTTGAAGGGCTTGGGCACAAGGGGCAATGGAGACACGCCTGCTCTGTTGTAGAGTGGCTGTACAGCTCCAAGGAGCACAAGCATTTCAAGAGCAGGTTCGTGTATACAAAGTTATTGACAGTGCTAGGCAGAGCCAGGAAGCCTCGTGAAGCTCTTCGAGTCTTTAATCTGATGCGTGGAGATGCACATATATATCCAGATATGGCAGCATTTCATTGTTTTTCTGTTATACTGGGCCAAGCTGGTTT...
LOC131001875
ATGTTGAAGATAGTTGAAGGGCTTGGGCACAAGGGGCAATGGAGACACGCCTGCTCTGTTGTAGAGTGGCTGTACAGCTCCAAGGAGCACAAGCATTTCAAGAGCAGGTTCGTGTATACAAAGTTATTGACAGTGCTAGGCAGAGCCAGGAAGCCTCGTGAAGCTCTTCGAGTCTTTAATCTGATGCGTGGAGATGCACATATATATCCAGATATGGCAGCATTTCATTGTTTTTCTGTTATACTGGGCCAAGCTGGTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784488.1
MLKIVEGLGHKGQWRHACSVVEWLYSSKEHKHFKSRFVYTKLLTVLGRARKPREALRVFNLMRGDAHIYPDMAAFHCFSVILGQAGLLKELLNVIESMKEKPKNIKNMRRKNWSPELQPDIVIFNAVLNACVPTCQWKGVSWVFQQLRRNGLRPNGASYGLAMEVIVCETIRQAMSELCFD
XP_057784489.1
MLKIVEGLGHKGQWRHACSVVEWLYSSKEHKHFKSRFVYTKLLTVLGRARKPREALRVFNLMRGDAHIYPDMAAFHCFSVILGQAGLLKELLNVIESMKEKPKNIKNMRRKNWSPELQPDIVIFNAVLNACVPTCQWKGVSWVFQQLRRNGLRPNGASYGLAMEVIVCETIRQAMSELCFD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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