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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002369

染色体: Chr08 坐标: 22518278-22519407 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002369
名称SmilChr08G002369
描述uncharacterized SmilChr08G002369
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22518278 - 22519407 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998199
GeneID130998199
locus_tag-
NCBI NameLOC130998199
原始查询SmilChr08G002369

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998199

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779612.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779612.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057779612.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057779612.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779612.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22518671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr8:22519002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C38,C82
Chr8:22519087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:22519091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:22519098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C59
Chr8:22519188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B133
Chr8:22519207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:22519233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,C38,C42,C84,D6
Chr8:22519245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B133,B41,C19,C3
Chr8:22519381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,C59,C9,D8
Chr8:22519397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779612.1
294 aa
N
1
147
294
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 143-282 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779612.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 143 282 1.7e-06 28.8 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923629.1
ACCATTATGAGAAGTGGATGGCTAGGTGTCGAGAGGGTAGGGGTCGTGAGATTTATGTCAAGGCAAGTGGTGGTTTGCGGGAGTACGACGACTTCGCGCGGGTGGATAATGTCAGCCAGGAATTCACAACTGGGGATATTGACTTGTATTTCTTAAGCTTGAGAAATAGACTTCGAGCTTCAGCAGATTTACTGGATGACGTAGATATGAATAACACAATCATATTAGACACGGATTGGTTTATATACCTCCAGGGCGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998199
ATGGCTAGGTGTCGAGAGGGTAGGGGTCGTGAGATTTATGTCAAGGCAAGTGGTGGTTTGCGGGAGTACGACGACTTCGCGCGGGTGGATAATGTCAGCCAGGAATTCACAACTGGGGATATTGACTTGTATTTCTTAAGCTTGAGAAATAGACTTCGAGCTTCAGCAGATTTACTGGATGACGTAGATATGAATAACACAATCATATTAGACACGGATTGGTTTATATACCTCCAGGGCGAGTGGGACGCTCTATTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779612.1
MARCREGRGREIYVKASGGLREYDDFARVDNVSQEFTTGDIDLYFLSLRNRLRASADLLDDVDMNNTIILDTDWFIYLQGEWDALLEKWARSEFTPEEYHILTHGAVADGWQPRIDWLCQIRGKAVKGHELPPGHIGWMDATQVLMPVIIGHHFVLCRIRLGELVCEVYDPVFHKLSPRQQDGRVGELLPLLRLLPIVLQLARWLDDTSIDSTVAKEKYPLMTAVFAPAEVQFHQQESVSCGPFVCMYAERLISGSPSIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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