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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002384

染色体: Chr08 坐标: 22600840-22605752 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002384
名称SmilChr08G002384
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g14080
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22600840 - 22605752 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001902
GeneID131001902
locus_tag-
NCBI NameLOC131001902
原始查询SmilChr08G002384

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g14080
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g14080
ArabidopsisAT5G14080 (AT5G14080)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831257]
identity=50.6; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0782900
-
identity=45; qcov=0.408; evalue=6.57e-70; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001902

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057784518.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057784518.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784518.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784518.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784518.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22601568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B78,C21,C44
Chr8:22601690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr8:22601732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B52
Chr8:22601775 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B44
Chr8:22601775 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B44
Chr8:22602070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C70,C86
Chr8:22602298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C82
Chr8:22602368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B130
Chr8:22602686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B78,C21,C44
Chr8:22602812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C82
Chr8:22602841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:22602988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784518.1
611 aa
N
1
306
611
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
C
PF01535 PPR 146-175 aa PF23276 TPR_24 367-482 aa PF12854 PPR_1 387-417 aa PF13812 PPR_3 389-435 aa PF13041 PPR_2 389-437 aa PF01535 PPR 392-421 aa PF13812 PPR_3 412-468 aa PF12854 PPR_1 419-451 aa PF13041 PPR_2 423-471 aa PF01535 PPR 427-456 aa PF13041 PPR_2 459-507 aa PF01535 PPR 462-491 aa PF13812 PPR_3 482-520 aa PF12854 PPR_1 489-520 aa PF01535 PPR 496-522 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784518.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 146 175 2.9e-40 134.4 PPR repeat
XP_057784518.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 367 482 1e-14 55.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057784518.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 387 417 4.2e-39 132.7 PPR repeat
XP_057784518.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 389 435 6e-19 68.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784518.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 389 437 7.9e-52 173.9 PPR repeat family
XP_057784518.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 392 421 2.9e-40 134.4 PPR repeat
XP_057784518.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 412 468 6e-19 68.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784518.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 419 451 4.2e-39 132.7 PPR repeat
XP_057784518.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 423 471 7.9e-52 173.9 PPR repeat family
XP_057784518.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 427 456 2.9e-40 134.4 PPR repeat
XP_057784518.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 459 507 7.9e-52 173.9 PPR repeat family
XP_057784518.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 462 491 2.9e-40 134.4 PPR repeat
XP_057784518.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 482 520 6e-19 68.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784518.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 489 520 4.2e-39 132.7 PPR repeat
XP_057784518.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 496 522 2.9e-40 134.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009094058.1
ATTTGTTTTACCAAAACGCTTTGGAAAAATTTTATAAACTCCTAAATTGCTTATAAATTATTTTAAAGAGCTTCTACCGCGTGCCCTCTAAATCCTGCTTTGATTTACTCCAAAATTGAGTGAAGAGCCATAAAAGTTGAGTTAAATGACACCTCTAAAATTCACTAGTTTGAACTTGAGCTACTAACTTGAGCTGCTGATCGGAACAGTAGTTGAGGTGTATTCGTTGGTTTAAGGAGGTGATTTGGAAGGCAGATCGG...
XR_009094062.1
GCGTGCCCTCTAAATCCTGCTTTGATTTACTCCAAAATTGAGTGAAGAGCCATAAAAGTTGAGTTAAATGACACCTCTAAAATTCACTAGTTTGAACTTGAGCTACTAACTTGAGCTGCTGATCGGAACAGTAGTTGAGGTGTATTCGTTGGTTTAAGGAGGTGATTTGGAAGGCAGATCGGAGATAGCATGCAATGCTCGGCCGCCGAGCTGGCGAGGCTGATGGTGGCAGCATCCAGCCGCGCATGGACGCCGTCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001902
ATGCAATGCTCGGCCGCCGAGCTGGCGAGGCTGATGGTGGCAGCATCCAGCCGCGCATGGACGCCGTCGCTCGAACAAACACTCCACCACCTCGGTTGCCGCAAGTCATTGAGCCCGACCCTTGTCGCCCGAGTCATCGACCCCTTCCTCCTCAACCACCACTCTCTTGCCTTGGGATTCTTCAACTGGGCATCCCAGCAGCCCGGCTTCTCCCACACCTCCGCCACCTATCAATCCCTCCTTAAATCCCTCTCCCTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784518.1
MQCSAAELARLMVAASSRAWTPSLEQTLHHLGCRKSLSPTLVARVIDPFLLNHHSLALGFFNWASQQPGFSHTSATYQSLLKSLSLSRQFNSIDKLLKQVRAHKVFLQPHVYRSLIASLVAGRRTHSAFSLFHDVASIAREIGPEACNSLLAALASDGSMKSARNLFDEMLNRGVRFSTLGFGVFVWRACRQMELSEIRGLIDGVKRVDFSGINGSVVALLVVHGLCTDRRVNDAMFALEELRIRECKPDFMAYRVVAET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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