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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002387

染色体: Chr08 坐标: 22637996-22639082 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002387
名称SmilChr08G002387
描述uncharacterized SmilChr08G002387
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22637996 - 22639082 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001905
GeneID131001905
locus_tag-
NCBI NameLOC131001905
原始查询SmilChr08G002387

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831206]; symbol=AT5G13620; hit=AT5G13620; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831206]; symbol=AT5G13620; hit=AT5G13620; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G13620 (AT5G13620)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831206]
identity=37.1; qcov=0.96; evalue=1.31e-51; confidence=medium
RiceOs07g0274300
-
identity=25.1; qcov=1.01; evalue=4.69e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001905

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784523.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057784523.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784523.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784523.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784523.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22638056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:22638063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:22638192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr8:22638241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr8:22638425 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B124
Chr8:22638425 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B124
Chr8:22638634 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,C45,C80,D4
Chr8:22638718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C43,C71,D2
Chr8:22638787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr8:22638789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,B93,C19,C77
Chr8:22638804 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 22 A10,A20,A5,A6,B135,B136,B137,B139,B14,B16,B27,B45,B76,B84,B99,C18,C24,C28,C43,C44,C64,C71
Chr8:22638826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928540.1
ATCACTTGATGGAAGACGCCGGCATGAGAAACCACTCCCTCTTCCCGCTGGAAACCTGCCCCCACGTCCCCGACGAGGCGTTCCGGCAATTCCACACCATCGACAGGGAGCTCTACGCCGCCCTGACCCGCCCCCTCCGCCGCGACCCGGCCGAGTCGGTCCAGGTCCTCGCCTTCCTCATGTGGCTTGAGAAGGAGTGCGCCGACTCCACCCTCATCAAGCGCGTCTCCTCCCTCCCGCCACTCCTCATCAACGCCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001905
ATGGAAGACGCCGGCATGAGAAACCACTCCCTCTTCCCGCTGGAAACCTGCCCCCACGTCCCCGACGAGGCGTTCCGGCAATTCCACACCATCGACAGGGAGCTCTACGCCGCCCTGACCCGCCCCCTCCGCCGCGACCCGGCCGAGTCGGTCCAGGTCCTCGCCTTCCTCATGTGGCTTGAGAAGGAGTGCGCCGACTCCACCCTCATCAAGCGCGTCTCCTCCCTCCCGCCACTCCTCATCAACGCCGTCGCCGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784523.1
MEDAGMRNHSLFPLETCPHVPDEAFRQFHTIDRELYAALTRPLRRDPAESVQVLAFLMWLEKECADSTLIKRVSSLPPLLINAVADEAAACVRCVESDAFLAGGGVKLLSELLSFPAGVSLRFLHDNRIAVLRGVAKIMNTVCWRAFGDLFHRDVNPDMTVTVPPNFMYNTYVDVPSPPHVAHPHHPPMVAQRQMLSQDLGNLKENKEQEKQVSPDDRTIFLTFSKGYPTSEDEVRDYFTRKFGDFIEDLMMQEVEGDEQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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