当前解析结果
SmilChr08G002399| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002399 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002399 |
| 描述 | protein IQ-DOMAIN 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 22770141 - 22772985 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001918 |
|---|---|
| GeneID | 131001918 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001918 |
| 原始查询 | SmilChr08G002399 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein IQ-DOMAIN 3-like |
| 产物 | protein IQ-DOMAIN 3-like |
| Arabidopsis | AT5G03040 (iqd2)IQ-domain 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831696] identity=44.4; qcov=1.05; evalue=6.07e-102; confidence=medium |
| Rice | Os05g0123200- identity=43.7; qcov=1.08; evalue=1.18e-93; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00612 (IQ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001918 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057784546.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057784546.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057784546.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057784546.1 |
| 5 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057784546.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:22770467 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr8:22770474 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B127,C17 |
Chr8:22770577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr8:22770619 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B46,C76,D10,D2,D8 |
Chr8:22770641 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr8:22770726 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B8 |
Chr8:22770751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B8 |
Chr8:22770764 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B26,C77,D6 |
Chr8:22770836 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B104 |
Chr8:22770943 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,A7,B7,B80 |
Chr8:22770958 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B104 |
Chr8:22771133 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B108,B12,B46,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784546.1PF00612
IQ 120-137 aa
XP_057784547.1PF00612
IQ 120-137 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784546.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 120 | 137 | 0.00011 | 22.3 | IQ calmodulin-binding motif |
XP_057784547.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 120 | 137 | 0.00011 | 22.3 | IQ calmodulin-binding motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。