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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002432

染色体: Chr08 坐标: 23126437-23131078 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002432
名称SmilChr08G002432
描述MLO-like protein 6
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23126437 - 23131078 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001951
GeneID131001951
locus_tag-
NCBI NameLOC131001951
原始查询SmilChr08G002432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MLO-like protein 6
产物MLO-like protein 6
ArabidopsisAT1G61560 (MLO6)
Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842450]
identity=51; qcov=0.966; evalue=5.69e-120; confidence=high
RiceOs10g0541000 (OsMLO4)
-
identity=46; qcov=0.799; evalue=9.54e-91; confidence=high
GOGO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03094 (Mlo)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001951

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057784583.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784583.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784583.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784583.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784583.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23126564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C41,C48
Chr8:23126650 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B97,C4,C46
Chr8:23126674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B84
Chr8:23126682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B84
Chr8:23127689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:23127809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C41
Chr8:23128779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784583.1
378 aa
N
1
189
378
Mlo
C
PF03094 Mlo 9-258 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784583.1 Pfam PF03094 Mlo Family 9 258 1.3e-120 403.8 Mlo family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928600.1
AGGGCAAGGTACAACTCGTCTCTGCATATGGAATCAACCAGCTTCATATATTCATTTTTGCATTGGCTGTTTCTCACGTACTATGCTGCGTCACAACCTTATATATGGGTGGACTAAAGATAAGGAAATGGAAATGTTGGGAAGAAGAGACAACGACGGTTCACTACCAATGCCACAATGATCCAGAGAGGTTCAGATTTGTGAGGGAGACAACATTTGCACGTAGGCATTTGCATTTTTGGACCAACCATCCCATCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001951
ATGCTCCAATTTTCTGGTGTGCAGGGTTGTTTCTTTGCGCAGTTTTTCACGTCAGTTGCAAAAGTGGACTACTTAACACTGAGACATGGATTTGTAACAGCACATCTGACACCTCAGAGCCAAGCAACATTCAATTTTCAGAAGTATATCAACAGATCACTGGAAGAAGACTTCAAAGTTCTAGTTGGGATAAGCCCTGTGATATGGCTATCAGCTGTTCTGCTCCTCCTCACCAACACCAATGGGTGGTATTCACAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784583.1
MLQFSGVQGCFFAQFFTSVAKVDYLTLRHGFVTAHLTPQSQATFNFQKYINRSLEEDFKVLVGISPVIWLSAVLLLLTNTNGWYSQYWVPFIPLIIILLIGAKFQVIITKMGIDILERGVIIKGTPLVQAGDDLFWFSRPRLILFLIHFVLFQNAFQIAFFVWSWYEFGFPSCYHENFEEMIIRITMGVTIQVLCSYVTIPLYALVTQMGSSLKPVIFSQRVASALRTWHQRASKRLKQRRQSGSSTPVDGGASPVHLLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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