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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002439

染色体: Chr08 坐标: 23221433-23224255 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002439
名称SmilChr08G002439
描述uncharacterized SmilChr08G002439
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23221433 - 23224255 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001959
GeneID131001959
locus_tag-
NCBI NameLOC131001959
原始查询SmilChr08G002439

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828606]; symbol=AT4G25030; hit=AT4G25030; species=arabidopsis; confidence=high
产物Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828606]; symbol=AT4G25030; hit=AT4G25030; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G25030 (AT4G25030)
Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828606]
identity=65.4; qcov=0.953; evalue=9.77e-136; confidence=high
RiceOs07g0159500
-
identity=55.8; qcov=0.956; evalue=4.61e-116; confidence=high
GOGO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001959

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057784595.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057784595.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784595.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784595.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784595.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23221729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B136,B60,B69
Chr8:23221754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr8:23221786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:23222798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B84
Chr8:23223129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928612.1
CGGATCTTTTTCTAATTGTCAAAATCAAAGTAGGAGTGCGGCATGCACTCGCCCAGCCGCCTTGGCTTGGCTTGTGGCGTTGATGTGGCCGCTCTCTCTCTCTCTAGAATCCCAACTACTTGTAGGATTTCAATCCTATTACAATTTCTTCTCTATTTATCTCTCCTTCCTCTCTCTAAAATCTCTTTTGATCAGGATTCTTTATTTCAACTCATTTCGGCGTTTGACTTGTTACATTTGAAGATCAATCAACTTTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001959
ATGGAATTCGCCTTTGGGAACTTGAATGGTGACTGTTCTCCTTTTAGCGAGGAGAGTGCTAGGTGTCCGTTTTTGCAGAACATTAGCGCGCCAACTAGTTTGTCCTTCTCAAGAGCCATGGCTTTCCCTGTTCCCGTGAGGGACAGGAAAGGTCCGATTTTTGAGGATGGTCCGAATTTTGATATGGCATTCAAGGTTTTCCACGGGCAGAATGGTGTCGTTCCTCTCTCTGAAAGGTCCTTCATTCACACCGAGAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784595.1
MEFAFGNLNGDCSPFSEESARCPFLQNISAPTSLSFSRAMAFPVPVRDRKGPIFEDGPNFDMAFKVFHGQNGVVPLSERSFIHTEKPPSESSSVQFNPLAAKAATISLSSFGHGGPFGFDAFSEMWKNSKKKSNSSKKDSSSKGGKSQHEATSNEWLHNGNCPIAKSYRAVNHVLPLVAKALQPPPGVHLKCPPAIIAARAALAKTAFAKNLRPQPLPAKVLVIGMLGMAVNVPLGIWREHTDKFSPSWFVAVHASVPFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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