Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002440`

染色体: Chr08 坐标: 23228186-23232605 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002440`
名称	SmilChr08G002440
描述	uncharacterized SmilChr08G002440
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	23228186 - 23232605 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001960`
GeneID	`131001960`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001960`
原始查询	`SmilChr08G002440`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Transcription initiation factor IIF, beta subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824392]; symbol=AT3G52270; hit=AT3G52270; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Transcription initiation factor IIF, beta subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824392]; symbol=AT3G52270; hit=AT3G52270; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G52270` (AT3G52270) Transcription initiation factor IIF, beta subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824392] identity=55.5; qcov=0.953; evalue=3.47e-99; confidence=high
Rice	`Os05g0509900` (OsTFIIF2-1) - identity=55.2; qcov=0.913; evalue=6.27e-92; confidence=high
GO	GO:0005674 (transcription factor TFIIF complex); GO:0006366 (transcription by RNA polymerase II); GO:0006367 (transcription initiation at RNA polymerase II promoter)
KEGG	smil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02270 (TFIIF_beta)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001960

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057784596.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057784596.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784596.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784596.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057784596.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:23228504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,B97,C4,C46
`Chr8:23230434`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,B44
`Chr8:23232248`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,C41
`Chr8:23232254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,B97,C4,C46
`Chr8:23232282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr8:23232383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B84
`Chr8:23232455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784596.1

276 aa

138

276

TFIIF_beta

PF02270 TFIIF_beta 204-268 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784596.1`	Pfam	`PF02270`	TFIIF_beta	Domain	204	268	2.3e-17	63.5	TFIIF, beta subunit HTH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928613.1
TGATACAAAAACAAAAGTTAGGAAATTGGTGTTTTGCGCCACACCACACACTAAACTTCCCAAATTACGAGGGCAAATATCAACATCAACGGAGATCATAATTCTCTCTCTAATTTCGCACTCCAAAAACCTTCACCGCCGTCTAATGGCGGAGAAACCCAAAGACGCCAAAATCTCAGCTCCCGCTGCGGCTGCCAGCAGCGGCCAGCTGGAGACCAGCAAGGCTGAGCGACGCGTGTGGATGATGAAGTGCCCCCCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001960
ATGGCGGAGAAACCCAAAGACGCCAAAATCTCAGCTCCCGCTGCGGCTGCCAGCAGCGGCCAGCTGGAGACCAGCAAGGCTGAGCGACGCGTGTGGATGATGAAGTGCCCCCCCGTCGTCGCACGCGCCATGCAGAGCAACACCCACCACCCCCCGCCGCCCTTCCCCTCCGACGCCTCCGCCGGCCAAATCTTTGCTAAAGTCGTCGTCGCCGTCGATCCACTGCACCCTAGCGACGACTTGTCATCCACGCAGTTTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784596.1
MAEKPKDAKISAPAAAASSGQLETSKAERRVWMMKCPPVVARAMQSNTHHPPPPFPSDASAGQIFAKVVVAVDPLHPSDDLSSTQFTMELAGTGDRNLPKLYSMDMSTDFVPMSVLSESSQGKPSVEGTIYHKFDMKPHSENIEDYRRLCRERTNKYMTKTRQIRVIDDDSGLRMRPMPGMFDMKTSGSTEKKAQAKGSETKRTRRDPEEMEKIMFRLFEKQPNWTLKQLVQKTDQPEQFLKDMLKLLCVYNNKGANQGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器