Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002459

染色体: Chr08 坐标: 23410932-23411907 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002459
名称SmilChr08G002459
描述homeobox-leucine zipper protein GLABRA 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23410932 - 23411907 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001978
GeneID131001978
locus_tag-
NCBI NameLOC131001978
原始查询SmilChr08G002459

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述homeobox-leucine zipper protein GLABRA 2-like
产物homeobox-leucine zipper protein GLABRA 2-like
ArabidopsisAT1G79840 (GL2)
HD-ZIP IV family of homeobox-leucine zipper protein with lipid-binding START domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844323]
identity=47.5; qcov=0.945; evalue=1.35e-16; confidence=low
RiceOs01g0760800 (Roc9(t))
-
identity=45.3; qcov=0.921; evalue=8.04e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001978

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784625.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784625.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784625.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784625.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057784625.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23411462 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B3,C33,C6,C79
Chr8:23411462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,C33,C6,C79
Chr8:23411476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C10
Chr8:23411506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B11,C44,C9
Chr8:23411509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,B94
Chr8:23411538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B11,C9
Chr8:23411540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B85
Chr8:23411559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C58,C75
Chr8:23411647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B63
Chr8:23411662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr8:23411684 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C10
Chr8:23411684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928642.1
GGAAGCGCCGGAGTCGCGCTGGAGAGAGAGAGAGGAGCGGAGAGAGAAGAGAAGCACCTTCTATTTTCTAATCTGCAAAACAAGTTAATCTGCAAAACAAAGATACGAAAAAAAGTACTCAACAGCTCACTATAAGTCTCCATTTTGTTTCATATCCTTAATGAACAGACCCCACCGTCTTCTTCACATCACAAGCCCACGAAATGAGCTTCATATTTAAAATTAAAAAAGAAAAGAAAAAAGAGTAGCTGATAAAAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001978
ATGAGTATAGATATGTCGTCCAATCTCCCCCCTTCTCAGCCCAGAGATCTTTTCGCCTCTGCTCCAGCTCTCTCACTCTCTCTTGCTGGTATTTTCCAAGGTGGCGGAGGCGAGGTGGAGGAGGGGGAGGGCGGGATCGGCGGCGACGCAGTGGAGATAAGCAGCGAGAATTCCGGCGCCGGCAAGTCGCGGTCGGACGACTACTACGAGTTGGCAGCGGAGGGATTAATGGATGATGAAGATGAAGATGAAAATGACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784625.1
MSIDMSSNLPPSQPRDLFASAPALSLSLAGIFQGGGGEVEEGEGGIGGDAVEISSENSGAGKSRSDDYYELAAEGLMDDEDEDENDGGGGKKRKRKKYHRHTPQQIREMEAYVSLFSLLHTHTHVYV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器