Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002460`

染色体: Chr08 坐标: 23424681-23427900 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002460`
名称	SmilChr08G002460
描述	auxin response factor 18-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	23424681 - 23427900 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001979`
GeneID	`131001979`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001979`
原始查询	`SmilChr08G002460`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	auxin response factor 18-like
产物	auxin response factor 18-like
Arabidopsis	`AT4G30080` (ARF16) auxin response factor 16 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829131] identity=56.9; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0685700` (OsARF10) - identity=56.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009725 (response to hormone)
KEGG	-
Pfam	PF02309 (AUX_IAA); PF02362 (B3); PF06507 (ARF_AD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057784626.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784626.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784626.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057784626.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057784626.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:23425105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr8:23425626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr8:23425790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:23425827`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:23425832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:23425921`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B68
`Chr8:23425921`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B68
`Chr8:23426179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784626.1

682 aa

341

682

ARF_AD

AUX_IAA

PF02362 B3 123-224 aa PF06507 ARF_AD 308-391 aa PF02309 AUX_IAA 586-639 aa

XP_057784627.1

682 aa

341

682

ARF_AD

AUX_IAA

PF02362 B3 123-224 aa PF06507 ARF_AD 308-391 aa PF02309 AUX_IAA 586-639 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784626.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	123	224	7e-23	81.2	B3 DNA binding domain
`XP_057784626.1`	Pfam	`PF06507`	ARF_AD	Domain	308	391	3.3e-34	117.3	Auxin response factor ancillary domain
`XP_057784626.1`	Pfam	`PF02309`	AUX_IAA	Family	586	639	5.5e-08	33.6	AUX/IAA family
`XP_057784627.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	123	224	7e-23	81.2	B3 DNA binding domain
`XP_057784627.1`	Pfam	`PF06507`	ARF_AD	Domain	308	391	3.3e-34	117.3	Auxin response factor ancillary domain
`XP_057784627.1`	Pfam	`PF02309`	AUX_IAA	Family	586	639	5.5e-08	33.6	AUX/IAA family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928643.1
ATGTCATTTGTCAAAATCAATTCCCTCTGCCACCTCTGGTCGGCAAAAAAAGCTTCAATCTCAGGTGTCTCTTCGACACTCTCTCTCTCCTCCACTGTGTGTTGTGTGTGTTTTTGTCTCTTGTCTCTGTCTGTCCCTATCTTCATCAAACCTCCCTCTCTCACTGCACTTAAATCCCTCGCTGAAACTTTCTCCTCTCCCTCACTCAAAACAAATCAGTTTACAGTTTTGTGCTGTGTAAAAGCCCTACACAACCAACC...

XM_057928644.1
GTCATTTGTCAAAATCAATTCCCTCTGCCACCTCTGGTCGGCAAAAAAAGCTTCAATCTCAGGTGTCTCTTCGACACTCTCTCTCTCCTCCACTGTGTGTTGTGTGTGTTTTTGTCTCTTGTCTCTGTCTGTCCCTATCTTCATCAAACCTCCCTCTCTCACTGCACTTAAATCCCTCGCTGAAACTTTCTCCTCTCCCTCACTCAAAACAAATCAGTTTACAGTTTTGTGCTGTGTAAAAGCCCTACACAACCAACCAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001979
ATGATTGATATTATGCATTCATTGGAGAAGACCGAGAATCAGTTCGAAAAATATTTGGATTCCCAATTATGGCATGCTTGTGCTGGTGGAATGACTCAAATTCCACCATTGAATTCCAATGTGTATTACTTCCCTCAGGGTCATGCTGAGCATGCGGCTAAGAATGTCGATTTTCGTAGTTTTCCCCGAATTTCGCCCCTAGTGCCTTGTAGAGTATCATCGATTAAGTATCTGGCTGATGTTGAGACAGATGAGGTTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784626.1
MIDIMHSLEKTENQFEKYLDSQLWHACAGGMTQIPPLNSNVYYFPQGHAEHAAKNVDFRSFPRISPLVPCRVSSIKYLADVETDEVFAKIGLVPLRGRECEVDDEVGLLGFDRNEEKEKLNSFAKTLTQSDANNGGGFSVPRYCAETIFPRLDYSAEPPVQTILGKDVHGEVWKFRHIYRGTPRRHLLTTGWSNFVNQKKLVAGDSIVFLRAENGDLCVGIRRAKLGIGGGSEVSSGWNTGAANGTSSLYKSGFYGFSSE...

XP_057784627.1
MIDIMHSLEKTENQFEKYLDSQLWHACAGGMTQIPPLNSNVYYFPQGHAEHAAKNVDFRSFPRISPLVPCRVSSIKYLADVETDEVFAKIGLVPLRGRECEVDDEVGLLGFDRNEEKEKLNSFAKTLTQSDANNGGGFSVPRYCAETIFPRLDYSAEPPVQTILGKDVHGEVWKFRHIYRGTPRRHLLTTGWSNFVNQKKLVAGDSIVFLRAENGDLCVGIRRAKLGIGGGSEVSSGWNTGAANGTSSLYKSGFYGFSSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器