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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002461

染色体: Chr08 坐标: 23440477-23442727 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002461
名称SmilChr08G002461
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23440477 - 23442727 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001980
GeneID131001980
locus_tag-
NCBI NameLOC131001980
原始查询SmilChr08G002461

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890-like
ArabidopsisAT3G49142 (AT3G49142)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723034]
identity=40.3; qcov=0.989; evalue=6.4e-163; confidence=medium
RiceOs07g0588100
-
identity=40.6; qcov=0.897; evalue=8.95e-155; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057784628.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057784628.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784628.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784628.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784628.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23440591 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B3
Chr8:23440591 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B3
Chr8:23440601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr8:23440683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C65
Chr8:23440728 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 15 B117,B119,B129,B131,B32,B47,B65,B76,B78,C27,C38,C56,C63,D5,D9
Chr8:23440732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B65,B78,D5,D9
Chr8:23440735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B129,B131,C27
Chr8:23440781 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 48 A16,A19,A22,A6,B101,B107,B108,B12,B125,B13,B135,B138,B14,B18,B2,B25,B28,B29,B38,B45,B48,B5,B62,B63,B68,B69,B71,B73,B74,B80,B81,B84,B91,B94,B99,C13,C14,C24,C26,C29,C32,C36,C40,C43,C73,C86,D2,D9
Chr8:23440801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:23440830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C12,C17
Chr8:23440834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B115,B41,C4
Chr8:23440889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784628.1
642 aa
N
1
321
642
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 170-195 aa PF13041 PPR_2 195-228 aa PF01535 PPR 199-228 aa PF13041 PPR_2 226-277 aa PF01535 PPR 229-258 aa PF13812 PPR_3 332-378 aa PF13041 PPR_2 332-379 aa PF01535 PPR 334-364 aa PF01535 PPR 369-394 aa PF01535 PPR 407-430 aa PF20431 E_motif 449-511 aa PF14432 DYW_deaminase 550-642 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 170 195 1.4e-49 163.7 PPR repeat
XP_057784628.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 195 228 1.8e-46 156.7 PPR repeat family
XP_057784628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 199 228 1.4e-49 163.7 PPR repeat
XP_057784628.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 226 277 1.8e-46 156.7 PPR repeat family
XP_057784628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 229 258 1.4e-49 163.7 PPR repeat
XP_057784628.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 332 378 8.4e-18 64.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784628.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 332 379 1.8e-46 156.7 PPR repeat family
XP_057784628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 364 1.4e-49 163.7 PPR repeat
XP_057784628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 394 1.4e-49 163.7 PPR repeat
XP_057784628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 407 430 1.4e-49 163.7 PPR repeat
XP_057784628.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 449 511 4.3e-20 72.4 E motif
XP_057784628.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 550 642 3e-42 143.1 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928645.1
TCCCATATTATTTATAGTGAGAGATTTGAATTCCCAATCATTATTTGAAAGCATAATAGAATTTGGGCGGCACTGCAGCATCTCAACCCTCCGCCGCAAATTCTTGATGAAATGGAACCACCACGCTTCTCTGAGACCAGCCATGGCGATCCTTCTAGAACCCCTCTTCAATTCATCCCAACTCCCACTCCCGCCCTCCTCCTACGCCACCGTATTCCAAGCCTTCACCGGAAAAAACCTCCTCAAACAAGGCCAGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001980
ATGAAATGGAACCACCACGCTTCTCTGAGACCAGCCATGGCGATCCTTCTAGAACCCCTCTTCAATTCATCCCAACTCCCACTCCCGCCCTCCTCCTACGCCACCGTATTCCAAGCCTTCACCGGAAAAAACCTCCTCAAACAAGGCCAGCAGCTCCACGCGCACATCGACACCCGCGGCCTTCGCCCCACGCCCTTCCTCGCCGCCAAGATGGTGGCCATGTACGCTAGCTCCGGCGACATCGTCTCCGCCGCCAGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784628.1
MKWNHHASLRPAMAILLEPLFNSSQLPLPPSSYATVFQAFTGKNLLKQGQQLHAHIDTRGLRPTPFLAAKMVAMYASSGDIVSAARIFHSVPNPSLLLFNSIVRAYCLYKYSQETLHIFIRMHSLNFRGDYFTYPFVLKSIADQELLCIGKCTHLLTMKDGLRFDLYVATSLIDMYVKCGALGDARKLFEEMPVRDVSSWNALISGYMKEGSVGLARELFDEMPTKNIVSWTSMISGYTQNGLAANALQLFDKMLRRGSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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