Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002465`

染色体: Chr08 坐标: 23477957-23480178 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002465`
名称	SmilChr08G002465
描述	uncharacterized SmilChr08G002465
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	23477957 - 23480178 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998213`
GeneID	`130998213`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998213`
原始查询	`SmilChr08G002465`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057779626.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.40000	`XP_057779626.1`
3	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057779626.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779626.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779626.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:23479030`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B56,C36,C71,C87
`Chr8:23479038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A11,A3,B41,B47,B50,C16,C56,C63,C67,C70,C86
`Chr8:23479054`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B72,C26
`Chr8:23479062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B119,B72,C26
`Chr8:23479062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B72,C26
`Chr8:23479080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,C39,C45,C80,D4
`Chr8:23479086`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	10	B108,B111,B123,B126,B2,B51,B76,B78,C29,C35
`Chr8:23479283`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr8:23479293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B75,B90,B92
`Chr8:23479295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,C35,C41,C6,D11
`Chr8:23479306`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C50
`Chr8:23479306`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923643.1
ATGGCAGTCCGACATTTACTCTTCACAACCGCGTCATACCAGCTTGCTCCTACCCAAGTGGAAATTCGAACAGCCGGTGTCTATTTCCTTTCGTCTCCAACGATTGCCACAATAGCTAGGGTTCTCTATAGCAAATTTGAACAGACGGCGACGACGTCGCCTATCCAGTTCCTGCTTGAAGACGCTGAATCTGCTGAAATCAAACGGGATTCATTCTTGAAGACGCCGATTATGCCGAAATCGAATAGGTTAGCAAAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998213
ATGGCAGTCCGACATTTACTCTTCACAACCGCGTCATACCAGCTTGCTCCTACCCAAGTGGAAATTCGAACAGCCGGTGTCTATTTCCTTTCGTCTCCAACGATTGCCACAATAGCTAGGGTTCTCTATAGCAAATTTGAACAGACGGCGACGACGTCGCCTATCCAGTTCCTGCTTGAAGACGCTGAATCTGCTGAAATCAAACGGGATTCATTCTTGAAGACGCCGATTATGCCGAAATCGAATAGGTTAGCAAAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779626.1
MAVRHLLFTTASYQLAPTQVEIRTAGVYFLSSPTIATIARVLYSKFEQTATTSPIQFLLEDAESAEIKRDSFLKTPIMPKSNRLAKWFLRFCSWWFEHLNR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器