Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002470

染色体: Chr08 坐标: 23609080-23612239 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002470
名称SmilChr08G002470
描述receptor-like protein 6
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23609080 - 23612239 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001986
GeneID131001986
locus_tag-
NCBI NameLOC131001986
原始查询SmilChr08G002470

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 6
产物receptor-like protein 6
ArabidopsisAT1G45616 (RLP6)
receptor like protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841101]
identity=33.8; qcov=1.01; evalue=5.23e-61; confidence=low
RiceOs04g0480500
-
identity=34.9; qcov=1.14; evalue=6.04e-86; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001986

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057784640.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784640.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784640.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784640.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784640.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23609245 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B104,B132,C21,C65
Chr8:23609245 AG A 1bp_deletion CDS_variant 4 B104,B132,C21,C65
Chr8:23609330 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 41 A19,A6,B101,B102,B11,B112,B113,B121,B123,B124,B125,B129,B136,B137,B14,B16,B35,B5,B62,B73,B79,B82,B93,B94,C13,C21,C25,C26,C29,C3,C30,C36,C42,C43,C48,C5,C52,C56,C58,C74,C9
Chr8:23609344 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C36
Chr8:23609344 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 C36
Chr8:23609361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,D6
Chr8:23609364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,C4,C82,D11
Chr8:23609376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:23609386 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 34 A16,A9,B100,B103,B120,B125,B14,B18,B41,B6,B60,B63,B72,B8,B85,B86,B90,B91,B95,B97,C12,C13,C14,C18,C20,C21,C37,C57,C63,C70,C77,C79,C83,C84
Chr8:23609403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr8:23609421 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B117,B13,C50,C76,D4
Chr8:23609421 GA G 1bp_deletion CDS_variant 5 B117,B13,C50,C76,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784640.1
538 aa
N
1
269
538
LRRNT_2
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 23-64 aa PF13516 LRR_6 272-286 aa PF00560 LRR_1 274-290 aa PF00560 LRR_1 296-318 aa PF00560 LRR_1 320-342 aa PF13855 LRR_8 345-404 aa PF00560 LRR_1 369-391 aa PF00560 LRR_1 418-436 aa PF13516 LRR_6 508-523 aa PF00560 LRR_1 510-529 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784640.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 23 64 2.2e-07 31.8 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057784640.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 272 286 5.8e-05 23.6 Leucine Rich repeat
XP_057784640.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 274 290 4.3e-34 109.9 Leucine Rich Repeat
XP_057784640.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 296 318 4.3e-34 109.9 Leucine Rich Repeat
XP_057784640.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 320 342 4.3e-34 109.9 Leucine Rich Repeat
XP_057784640.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 345 404 8.2e-31 106.3 Leucine rich repeat
XP_057784640.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 369 391 4.3e-34 109.9 Leucine Rich Repeat
XP_057784640.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 418 436 4.3e-34 109.9 Leucine Rich Repeat
XP_057784640.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 508 523 5.8e-05 23.6 Leucine Rich repeat
XP_057784640.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 510 529 4.3e-34 109.9 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928657.1
CGATAGTCCATCCAGACCCAGTAGCAATTTAAAGCCACACATCTCATTGCTGCAACTTTATACACAATTCAATCATCAATATCCTCTTCACAATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCATTGTTAGTATTATTTTGACTCATTCGTATAGCCAATGTCTTGATCATGAGAAAAGGTTGCTGCTTCAACTCAAGAATGATTTGATATTCAATTCTTCTACTTCAACAAAACTGGTGCAATGGAATCAAAGAGACGAGTGCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001986
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCATTGTTAGTATTATTTTGACTCATTCGTATAGCCAATGTCTTGATCATGAGAAAAGGTTGCTGCTTCAACTCAAGAATGATTTGATATTCAATTCTTCTACTTCAACAAAACTGGTGCAATGGAATCAAAGAGACGAGTGCTGCAAGTGGAACGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGGTACGTCGTTGGTTTGCAGCTCGACCATGAGGCCATTTCTGGTGGAATCGAGGATTCGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784640.1
MLPKLFFIIVSIILTHSYSQCLDHEKRLLLQLKNDLIFNSSTSTKLVQWNQRDECCKWNGVECDAAGYVVGLQLDHEAISGGIEDSSSLFRLMHLQKINLAYNDLSSDPIPKGIHNLTYLTHLNLSNAGFGGQLPAEILSMKKLASLDISSEYSSLSLEHPNLEMLVRNLTRLTELSLDGASISSNESRKWSHIISSYLPNITLLSLRFCSLSGPLANSFWQLHSLSILQLDSNDLSTLVPDLFANFRRLNTLSLVGCSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器