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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002483

染色体: Chr08 坐标: 23732879-23734570 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002483
名称SmilChr08G002483
描述peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23732879 - 23734570 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998217
GeneID130998217
locus_tag-
NCBI NameLOC130998217
原始查询SmilChr08G002483

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A-like
产物peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A-like
ArabidopsisAT5G05480 (AT5G05480)
Peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830431]
identity=42; qcov=1.01; evalue=2.27e-155; confidence=medium
RiceOs05g0395000
-
identity=40.3; qcov=0.943; evalue=9.77e-127; confidence=medium
GOGO:0005773 (vacuole)
KEGG-
PfamPF12222 (PNGaseA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057779629.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057779629.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057779629.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057779629.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779629.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23733057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C70,C78,D5
Chr8:23733244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B53
Chr8:23733350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B53
Chr8:23733479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A25,B23,B37,C70
Chr8:23733767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr8:23734153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C49,C73
Chr8:23734155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr8:23734159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A25,B23,B37
Chr8:23734317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:23734357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B11,B8,C3,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779629.1
563 aa
N
1
282
563
PNGaseA
C
PF12222 PNGaseA 60-359 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779629.1 Pfam PF12222 PNGaseA Domain 60 359 2e-74 251.1 Peptide N-acetyl-beta-D-glucosaminyl asparaginase amidase A

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923646.1
ATGCATCCTTCTCTCCTCCTCTCACTCACCCTAATTCTTCCACTCTCCGCCGCCTCATCGCCGCCGCTCCACCTCTCCAAAACCCACCTCCGGCGGCCTAACTCAGCCCCCGCACCGCCCCAACAATACATCGAAGTGAGCCGCCCCCTCCCGTTTGACTCCCTCACCCCCTCGTGCACACTTCCCCTCCTCTCCAACAACTACTCCTCCCCCACCAACTGCTCCTGGTCGAACGCCGTCCTCCACTTCTCCGCCGCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998217
ATGCATCCTTCTCTCCTCCTCTCACTCACCCTAATTCTTCCACTCTCCGCCGCCTCATCGCCGCCGCTCCACCTCTCCAAAACCCACCTCCGGCGGCCTAACTCAGCCCCCGCACCGCCCCAACAATACATCGAAGTGAGCCGCCCCCTCCCGTTTGACTCCCTCACCCCCTCGTGCACACTTCCCCTCCTCTCCAACAACTACTCCTCCCCCACCAACTGCTCCTGGTCGAACGCCGTCCTCCACTTCTCCGCCGCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779629.1
MHPSLLLSLTLILPLSAASSPPLHLSKTHLRRPNSAPAPPQQYIEVSRPLPFDSLTPSCTLPLLSNNYSSPTNCSWSNAVLHFSAASNGSHRGRIAGIWLSGAELARTSTPDPTPEGTFWNFRKDVTRYASLLRRSNLTLSLTLHTLAGHLTNDTYHVNITFLYYDVTSLFRPQQSSASLELNENPADLIIPISAAGDEGHWFKIQRESDSLLQKIQIPSNTYRAVIEIYVSSHEKDEFWYANPPDYYLEINNLPTKRGH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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