当前解析结果
SmilChr08G002484| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002484 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002484 |
| 描述 | peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 23748701 - 23750736 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001998 |
|---|---|
| GeneID | 131001998 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001998 |
| 原始查询 | SmilChr08G002484 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A |
| 产物 | peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A |
| Arabidopsis | AT5G05480 (AT5G05480)Peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830431] identity=48.9; qcov=0.918; evalue=7.69e-180; confidence=high |
| Rice | Os05g0395000- identity=43.3; qcov=0.891; evalue=8.85e-145; confidence=medium |
| GO | GO:0005773 (vacuole) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12222 (PNGaseA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001998 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057784654.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057784654.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057784654.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784654.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784654.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:23748868 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:23749081 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:23749105 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:23749120 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:23749174 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:23749348 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr8:23749458 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,C62 |
Chr8:23749468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B25,C4,C41,C81,C84 |
Chr8:23749503 |
CGG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A21,B105,B54,B85,B91,B94,C26,C61 |
Chr8:23749589 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C26 |
Chr8:23749589 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr8:23749598 |
G |
GGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C26 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784654.1PF12222
PNGaseA 58-390 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784654.1 |
Pfam | PF12222 |
PNGaseA | Domain | 58 | 390 | 4.6e-94 | 315.6 | Peptide N-acetyl-beta-D-glucosaminyl asparaginase amidase A |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。