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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002484

染色体: Chr08 坐标: 23748701-23750736 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002484
名称SmilChr08G002484
描述peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23748701 - 23750736 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001998
GeneID131001998
locus_tag-
NCBI NameLOC131001998
原始查询SmilChr08G002484

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A
产物peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A
ArabidopsisAT5G05480 (AT5G05480)
Peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830431]
identity=48.9; qcov=0.918; evalue=7.69e-180; confidence=high
RiceOs05g0395000
-
identity=43.3; qcov=0.891; evalue=8.85e-145; confidence=medium
GOGO:0005773 (vacuole)
KEGG-
PfamPF12222 (PNGaseA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001998

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057784654.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057784654.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057784654.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784654.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784654.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23748868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:23749081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:23749105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:23749120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:23749174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:23749348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr8:23749458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,C62
Chr8:23749468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,C4,C41,C81,C84
Chr8:23749503 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 8 A21,B105,B54,B85,B91,B94,C26,C61
Chr8:23749589 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C26
Chr8:23749589 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C26
Chr8:23749598 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784654.1
599 aa
N
1
300
599
PNGaseA
C
PF12222 PNGaseA 58-390 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784654.1 Pfam PF12222 PNGaseA Domain 58 390 4.6e-94 315.6 Peptide N-acetyl-beta-D-glucosaminyl asparaginase amidase A

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928671.1
ATAAAGTGTTTAGAGCTTAGACTCCCTCAATCAAAACAAGAAATGAGATAAATAGAGAAACAGAATAGATATATGAAGTCATAAACTAAACCTTCTCATCTTGAAATCCTGAACAACAAAAAAATGATAATGAAAATGCATCCATCTCTCCTCCTCTTCTCAGTCCTCCTAATTCTCCCACTCTCCGGCGCCTTGCCGCCGCCATTCCAGCACCTCCCCTTCCCCACGAGCCGCCTCTCCGCCGAACCCCAAAAAGTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001998
ATGATAATGAAAATGCATCCATCTCTCCTCCTCTTCTCAGTCCTCCTAATTCTCCCACTCTCCGGCGCCTTGCCGCCGCCATTCCAGCACCTCCCCTTCCCCACGAGCCGCCTCTCCGCCGAACCCCAAAAAGTAATCGAAGTGAGCCGCCCCCTCCCCTTCGACTCCCTGACCCCCGCGTGCAGCCTCCCCCTCCTCAACCACAGCTTCGGCAACACCTTCAACCTGCCCCCCACCACCGCCAACTACTCCGCCCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784654.1
MIMKMHPSLLLFSVLLILPLSGALPPPFQHLPFPTSRLSAEPQKVIEVSRPLPFDSLTPACSLPLLNHSFGNTFNLPPTTANYSAPLNCTWSNAVLHFSGSSNGTQYDRIAAVWLAGVELLRTSTPEATPQGISWSFNKDVTRYSALFRRSNLTLSVMLENIVDDVYTASFQINVTLLFYNINTPTNNRRSLKSTASKLKYSRPLSFVPNASLELDKVPADLIIPVSGAGDEGFWFKIQSANDAVYQGIQIPNNTYRAVI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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