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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002487

染色体: Chr08 坐标: 23780896-23787017 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002487
名称SmilChr08G002487
描述F-box protein SKIP23-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23780896 - 23787017 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002001
GeneID131002001
locus_tag-
NCBI NameLOC131002001
原始查询SmilChr08G002487

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box protein SKIP23-like
产物F-box protein SKIP23-like
ArabidopsisAT2G17030 (AT2G17030)
F-box SKIP23-like protein (DUF295) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816206]
identity=25.9; qcov=1.03; evalue=1.38e-27; confidence=low
RiceOs02g0671100 (MAIF1)
-
identity=23.8; qcov=0.558; evalue=8.96e-09; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF03478 (Beta-prop_KIB1-4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002001

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784656.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057784656.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057784656.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784656.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784656.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23781185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C49,C73
Chr8:23781348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,C87,D6
Chr8:23784439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B41,C15
Chr8:23784478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr8:23784524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr8:23784583 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C71
Chr8:23784583 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C71
Chr8:23784606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B41,C15
Chr8:23784618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B41,C15
Chr8:23784683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C49,C73
Chr8:23784799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C49,C73
Chr8:23784824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C49,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784656.1
437 aa
N
1
218
437
Beta-prop_KIB1-4
C
PF03478 Beta-prop_KIB1-4 80-353 aa
XP_057784657.1
437 aa
N
1
218
437
Beta-prop_KIB1-4
C
PF03478 Beta-prop_KIB1-4 80-353 aa
XP_057784658.1
437 aa
N
1
218
437
Beta-prop_KIB1-4
C
PF03478 Beta-prop_KIB1-4 80-353 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784656.1 Pfam PF03478 Beta-prop_KIB1-4 Repeat 80 353 1.6e-19 71.2 KIB1-4 beta-propeller
XP_057784657.1 Pfam PF03478 Beta-prop_KIB1-4 Repeat 80 353 1.6e-19 71.2 KIB1-4 beta-propeller
XP_057784658.1 Pfam PF03478 Beta-prop_KIB1-4 Repeat 80 353 1.6e-19 71.2 KIB1-4 beta-propeller

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928673.1
TTTTTGTCTTAAGGGTATTTTAGTCATTTCAATCCCAAAATGGTACATTTTATACATTTTTTTTTATAGTGGGTATATTTTTATTTTTGTCTTTCAAATAGGAAAAATACTACCCATTAACCCCTTTTTTTTATAATTAGTCACCAAAAAAGAAAAGAAGAATAGAAAATTGCTGAAGAAGAGGAGCGCCAATTTGGGTCCCAGAGAAGAAAGTTGTGTTGCAACAAATTCAAAACTCCCTCTTCGCCAACAAATTTATC...
XM_057928674.1
TTTTTGTCTTAAGGGTATTTTAGTCATTTCAATCCCAAAATGGTACATTTTATACATTTTTTTTTATAGTGGGTATATTTTTATTTTTGTCTTTCAAATAGGAAAAATACTACCCATTAACCCCTTTTTTTTATAATTAGTCACCAAAAAAGAAAAGAAGAATAGAAAATTGCTGAAGAAGAGGAGCGCCAATTTGGGTCCCAGAGAAGAAAGTTGTGTTGCAACAAATTCAAAACTCCCTCTTCGCCAACAAATTTATC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131002001
ATGGAGCGTCCGAACCCTAGAATCGCCGTTCCATGGTCTGATCTTCCACCGGAACTTCTCGACAAGATCGCCAAAAGCCTCGTGGCCGGAATCGACGTCCGCCGCTTCCGTGCCGTCTGCCGTTCCTGGCGCTCCTCCACTCCACCCTACAAATTCCCAACCATCGAGCTCCCTTTCTTTGACGACCGCCGAAATTCCATTCACAAACACAGCGGCGCCTACTTCATTCTGATCGAGAGGATCGTCTACCGCATCCAATT...
LOC131002001
ATGGAGCGTCCGAACCCTAGAATCGCCGTTCCATGGTCTGATCTTCCACCGGAACTTCTCGACAAGATCGCCAAAAGCCTCGTGGCCGGAATCGACGTCCGCCGCTTCCGTGCCGTCTGCCGTTCCTGGCGCTCCTCCACTCCACCCTACAAATTCCCAACCATCGAGCTCCCTTTCTTTGACGACCGCCGAAATTCCATTCACAAACACAGCGGCGCCTACTTCATTCTGATCGAGAGGATCGTCTACCGCATCCAATT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057784656.1
MERPNPRIAVPWSDLPPELLDKIAKSLVAGIDVRRFRAVCRSWRSSTPPYKFPTIELPFFDDRRNSIHKHSGAYFILIERIVYRIQLPNSKNPDFWLVKLENVDNDKVRIINPVTHRKIEISPAVEMPKVLNTLDFHVSEVCKAYALRYVNPSKKNDDYYDYRYAKKVVFSANAETGEYVVMIIDLRSRLLRISSDRKKWTLFHGSVGDYNFAAARFYDVANVKGKLCAADASGDIWAFDSKFGWRIGSYDGDPAFKRRL...
XP_057784657.1
MERPNPRIAVPWSDLPPELLDKIAKSLVAGIDVRRFRAVCRSWRSSTPPYKFPTIELPFFDDRRNSIHKHSGAYFILIERIVYRIQLPNSKNPDFWLVKLENVDNDKVRIINPVTHRKIEISPAVEMPKVLNTLDFHVSEVCKAYALRYVNPSKKNDDYYDYRYAKKVVFSANAETGEYVVMIIDLRSRLLRISSDRKKWTLFHGSVGDYNFAAARFYDVANVKGKLCAADASGDIWAFDSKFGWRIGSYDGDPAFKRRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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