Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002505`

染色体: Chr08 坐标: 24092965-24093982 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002505`
名称	SmilChr08G002505
描述	abscisic acid receptor PYL4-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	24092965 - 24093982 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131002017`
GeneID	`131002017`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131002017`
原始查询	`SmilChr08G002505`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	abscisic acid receptor PYL4-like
产物	abscisic acid receptor PYL4-like
Arabidopsis	`AT2G40330` (PYL6) PYR1-like 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818626] identity=55.1; qcov=1.05; evalue=4.72e-75; confidence=high
Rice	`Os05g0473000` (OsPYL/RCAR6) - identity=65.3; qcov=0.829; evalue=7.27e-64; confidence=high
GO	GO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03364 (Polyketide_cyc); PF10604 (Polyketide_cyc2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131002017

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057784678.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057784678.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057784678.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784678.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784678.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:24093275`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr8:24093315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr8:24093362`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr8:24093538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr8:24093576`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr8:24093642`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B124,B136,B14
`Chr8:24093653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr8:24093657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr8:24093681`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B124,B136,B14
`Chr8:24093755`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B34,B98,C38
`Chr8:24093755`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B34,B98,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784678.1

205 aa

102

205

Polyketide_cyc2

Polyketide_cyc

PF10604 Polyketide_cyc2 61-197 aa PF03364 Polyketide_cyc 64-169 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784678.1`	Pfam	`PF10604`	Polyketide_cyc2	Family	61	197	1.5e-18	68.1	Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport
`XP_057784678.1`	Pfam	`PF03364`	Polyketide_cyc	Family	64	169	2.5e-05	25.3	Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928695.1
TCCACGCCTGCGTAAGCCCTGTGATCATAGACCTGCTCTTCTTTTCCTCCCATGAAAAAACCTCTCTATTTTTATTACAACTCGACAAACATTTCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGCCTACATTTTATATACCGCCTCAAACCCAATCTCAATCCCTTCTTATCTTTTACTCCATTTCAAAATCCTAAAAAACAGAAAACAAACATGCCCTCTTCTCTTCAGATTCAGAGGATCAACCCCATAAACCACATCGCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131002017
ATGCCCTCTTCTCTTCAGATTCAGAGGATCAACCCCATAAACCACATCGCGTGCATGCATCAGAAGGCGGCGAATCCCGCTTCCTGGGTATGCCCCGCCTCCGCCGCCGCCTCCCTGCCGGAGGAGATGCTCCACCACCACACCCACGCGGTGGCCCCGGGGCAGTGCTGCTCCGCGGCGGTGCAGCTGATCGACGCGTCGGTGGAGGCCGTGTGGTCCGTGGTGCGCCGCTTCGACAGGCCGCACGAGTACAAGAAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784678.1
MPSSLQIQRINPINHIACMHQKAANPASWVCPASAAASLPEEMLHHHTHAVAPGQCCSAAVQLIDASVEAVWSVVRRFDRPHEYKKFLKSCHVILGDGDVGTLREVRVVSGLPAATSTERLEILDDERHVMSFSVVGGDHRLRNYSSVTTLHAAGGGGGTVVVESYVVDVPHGNTKEETCAFIDTIVKCNLHSLAQIAQNLPKTY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器