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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002509

染色体: Chr08 坐标: 24154457-24154870 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002509
名称SmilChr08G002509
描述uncharacterized SmilChr08G002509
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向24154457 - 24154870 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998224
GeneID130998224
locus_tag-
NCBI NameLOC130998224
原始查询SmilChr08G002509

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998224

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057779637.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057779637.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057779637.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057779637.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057779637.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:24154464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B78,B94,C5,D6
Chr8:24154466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr8:24154468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,B94,C54
Chr8:24154469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,D1
Chr8:24154474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr8:24154477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,C42,C71,C79
Chr8:24154479 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 C42,C71,C79
Chr8:24154479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C42,C71,C79
Chr8:24154480 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B2,B94,B97,D6,D7
Chr8:24154480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B94,B97,D6,D7
Chr8:24154482 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B2,B94,C86,D6
Chr8:24154482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B94,C86,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923654.1
ATGAAGGCAGCGGATCTGGTGTGGTGGTGGGAGAATGCAGCGGAGGGGGCGACAGAGGGTGGCAGATCTGGTAGTGGTGGGGGAAGGCAACGGGGGCGGATCTGGTGTGGTGGTGGGGGAAGGCAGCGGAGGGGGCGACAGAGGGTGGTGGATCTGGTGGTGGTGGAGGAAGGCAACGGCAGCGGATCTGGTGTGGTGGTGGGGGAAGGCAGCGGAGGGGGCGACAGAGGGTGGCGGATCTGGTGGTGGTGGGGGAAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998224
ATGAAGGCAGCGGATCTGGTGTGGTGGTGGGAGAATGCAGCGGAGGGGGCGACAGAGGGTGGCAGATCTGGTAGTGGTGGGGGAAGGCAACGGGGGCGGATCTGGTGTGGTGGTGGGGGAAGGCAGCGGAGGGGGCGACAGAGGGTGGTGGATCTGGTGGTGGTGGAGGAAGGCAACGGCAGCGGATCTGGTGTGGTGGTGGGGGAAGGCAGCGGAGGGGGCGACAGAGGGTGGCGGATCTGGTGGTGGTGGGGGAAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779637.1
MKAADLVWWWENAAEGATEGGRSGSGGGRQRGRIWCGGGGRQRRGRQRVVDLVVVEEGNGSGSGVVVGEGSGGGDRGWRIWWWWGKANAADLVWWWGKAAEGATEGGKSGDGSGEGRQAAAEGDGKGGYSFSSHLKF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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