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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002519

染色体: Chr08 坐标: 24381156-24383671 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002519
名称SmilChr08G002519
描述WEB family protein At2g40480-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向24381156 - 24383671 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997161
GeneID130997161
locus_tag-
NCBI NameLOC130997161
原始查询SmilChr08G002519

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WEB family protein At2g40480-like
产物WEB family protein At2g40480-like
ArabidopsisAT2G38370 (AT2G38370)
weak chloroplast movement under blue light protein (DUF827) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818418]
identity=32.7; qcov=0.841; evalue=1.4e-28; confidence=low
RiceOs03g0339700
-
identity=47.5; qcov=0.272; evalue=3.57e-17; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF05701 (WEMBL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997161

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057778402.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057778402.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778402.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778402.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778402.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:24381664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B122,B38,B78
Chr8:24381752 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C41
Chr8:24381752 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C41
Chr8:24382030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B49,B98,C32,C68
Chr8:24382223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr8:24382357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,C22,C32,C37,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778402.1
392 aa
N
1
196
392
WEMBL
C
PF05701 WEMBL 15-96 aa
XP_057778403.1
391 aa
N
1
196
391
WEMBL
C
PF05701 WEMBL 15-95 aa
XP_057778404.1
365 aa
N
1
182
365
WEMBL
C
PF05701 WEMBL 15-96 aa
XP_057778405.1
364 aa
N
1
182
364
WEMBL
C
PF05701 WEMBL 15-95 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778402.1 Pfam PF05701 WEMBL Coiled-coil 15 96 3e-23 83.1 Weak chloroplast movement under blue light
XP_057778403.1 Pfam PF05701 WEMBL Coiled-coil 15 95 7.3e-23 81.8 Weak chloroplast movement under blue light
XP_057778404.1 Pfam PF05701 WEMBL Coiled-coil 15 96 2.6e-22 80.0 Weak chloroplast movement under blue light
XP_057778405.1 Pfam PF05701 WEMBL Coiled-coil 15 95 6.3e-22 78.7 Weak chloroplast movement under blue light

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922422.1
TTGATTCACTTTAATCCACCACGCGGCTGTCTTCAGCCTTTCACTAATGTACTATAATATGGAAAGTGAAATTTAGAATTTTCCTTCCCTTTATCTTAAATGGTCCTTTGTTTTACCCTCCATCATTGCAATTGCAATATGCATATGCTCATCTATTCCAATCCCAATTATCGCCACTTTCTCCATATATAGACTATAGCTATTGTTGCTGCATTAACCAACAATATTCCATTTCTCTGAATTCCAAGTTCATCACTCTC...
XM_057922420.1
TTGATTCACTTTAATCCACCACGCGGCTGTCTTCAGCCTTTCACTAATGTACTATAATATGGAAAGTGAAATTTAGAATTTTCCTTCCCTTTATCTTAAATGGTCCTTTGTTTTACCCTCCATCATTGCAATTGCAATATGCATATGCTCATCTATTCCAATCCCAATTATCGCCACTTTCTCCATATATAGACTATAGCTATTGTTGCTGCATTAACCAACAATATTCCATTTCTCTGAATTCCAAGTTCATCACTCTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130997161
ATGGCGGAATCCGCCGACACCAAAAAGGTAATCGATCCCCGGGTGGAAATCGACACTTCGCCGCCGTTCGAGTCGGTCAAGGAGGCTGTCGACCACTTCGGCGGCAGCGGCCCTTGGATTCCTCATCACTTACCCAATAAGAATGAGGCGTTCGATGTGGAGAAGATAGAGGAAGAGGCAGTACGACTGGAGAGGGATCTGATAATGAAAGAGCAGCAAACACTGAACGTGTTGAAAGAGCTGGAAGCAGCAAAGAGCTT...
LOC130997161
ATGGCGGAATCCGCCGACACCAAAAAGGTAATCGATCCCCGGGTGGAAATCGACACTTCGCCGCCGTTCGAGTCGGTCAAGGAGGCTGTCGACCACTTCGGCGGCAGCGGCCCTTGGATTCCTCATCACTTACCCAATAAGAATGAGGCGTTCGATGTGGAGAAGATAGAGGAAGAGGCAGTACGACTGGAGAGGGATCTGATAATGAAAGAGCAGCAAACACTGAACGTGTTGAAAGAGCTGGAAGCAGCAAAGAGCTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057778402.1
MAESADTKKVIDPRVEIDTSPPFESVKEAVDHFGGSGPWIPHHLPNQKNEAFDVEKIEEEAVRLERDLIMKEQQTLNVLKELEAAKSFVQGLKLNLIPELDVAWPSPGLMFSELNQAKLNLSKTSVDLAAIQASVESLNKNLRKDKILLHRASKMQLQETHHHVSLTVSSSKQSIGFEAEQYKKMTEASRYEVMEAMAEIERTKDCIRMAEMRLNAAKKMEEAAKAVEAIALARTNANQGDGITLSFEEYKALSQKAKQA...
XP_057778403.1
MAESADTKKVIDPRVEIDTSPPFESVKEAVDHFGGSGPWIPHHLPNKNEAFDVEKIEEEAVRLERDLIMKEQQTLNVLKELEAAKSFVQGLKLNLIPELDVAWPSPGLMFSELNQAKLNLSKTSVDLAAIQASVESLNKNLRKDKILLHRASKMQLQETHHHVSLTVSSSKQSIGFEAEQYKKMTEASRYEVMEAMAEIERTKDCIRMAEMRLNAAKKMEEAAKAVEAIALARTNANQGDGITLSFEEYKALSQKAKQAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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