Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002558`

染色体: Chr08 坐标: 24891220-24895131 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002558`
名称	SmilChr08G002558
描述	transcription factor RF2b
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	24891220 - 24895131 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997198`
GeneID	`130997198`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997198`
原始查询	`SmilChr08G002558`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor RF2b
产物	transcription factor RF2b
Arabidopsis	`AT2G40620` (AT2G40620) Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818657] identity=55.7; qcov=1.0; evalue=2.18e-116; confidence=high
Rice	`Os03g0336200` (RF2b) - identity=61.0; qcov=0.95; evalue=3.67e-112; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997198

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778434.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778434.1

343 aa

172

343

bZIP_2

bZIP_1

PF07716 bZIP_2 138-187 aa PF00170 bZIP_1 140-188 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778434.1`	Pfam	`PF07716`	bZIP_2	Coiled-coil	138	187	2.9e-06	27.9	Basic region leucine zipper
`XP_057778434.1`	Pfam	`PF00170`	bZIP_1	Coiled-coil	140	188	2.8e-08	34.4	bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922451.1
AACCCTTTGTGTAATTAACTAGGGTATGATTGTATACATGCGATATGGAGCGTGGCATAGGGCAAAAGCAATCGAGGGTGTAGATCCCATGCACACAACCCCACACCATGAAATGATTGCACTCTAAAAAAAAAAAAAAAAGTCCACTCAACTCCCAAATTGATTATACTTATTTTCAATACACAGACTTCCCTTTACTCGTCAACCAGAAACAGTTAAATCCACTCCCCATCATCCCAACTGCAAGAACAAGAACCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997198
ATGCAAGATCCCAACTCCAAGCAGCAGGTCAGCCAAATGCCGCCCTTCTCCGGCGCAATGCGGCCCTCCCAGCACCGCCGCGCCCACTCCGAGGTCAACTTCCGCCTCCCGGAGGACCTAGATCTGGGCTCCGACCCCTTCGACGCGCCGGCGGGGAGTTTCGAGGAGATGGGATCCGAGGACGATCTCTTCTCCACCTACATGGACATAGAGAAGCTCAGCGCCGGACCTGGATCTGGACCTACCGACAATGCCGCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778434.1
MQDPNSKQQVSQMPPFSGAMRPSQHRRAHSEVNFRLPEDLDLGSDPFDAPAGSFEEMGSEDDLFSTYMDIEKLSAGPGSGPTDNAAAADDDADKTAASRPRHRHSNSVDSSSFLFNDNSIEAKKAMPPDKLAELWTIDPKRAKRILANRQSAARSKERKARYISELERKVQTLQTEATTLSAQLTLFQRDTTGLSNENTELKLRLQAMEQQAQLRDALNEALRQEVERLRVATGEMSTTSDTFNLTMQHLPYNQTTFFSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器