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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002563

染色体: Chr08 坐标: 24972578-24979185 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002563
名称SmilChr08G002563
描述chalcone isomerase-like protein 2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向24972578 - 24979185 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997202
GeneID130997202
locus_tag-
NCBI NameLOC130997202
原始查询SmilChr08G002563

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chalcone isomerase-like protein 2
产物chalcone isomerase-like protein 2
ArabidopsisAT5G05270 (CHIL)
Chalcone-flavanone isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830409]
identity=68.1; qcov=0.972; evalue=3.75e-88; confidence=high
RiceOs11g0116300
-
identity=64.8; qcov=0.986; evalue=1.48e-88; confidence=high
GOGO:0016872 (intramolecular lyase activity)
KEGGsmil00941 (Flavonoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02431 (Chalcone)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997202

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778437.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778437.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778437.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778437.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778437.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778437.1
213 aa
N
1
106
213
Chalcone
C
PF02431 Chalcone 11-209 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778437.1 Pfam PF02431 Chalcone Domain 11 209 5.5e-32 111.5 Chalcone-flavanone isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922454.1
TGTCTCCCCACACATTTATAAACATTACGCTTTTGCATTTGGTTTTTCAATTTCTCTCTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCACAAATCTTCTCTCAAACAACTCCTTGCAGTCGCAGAGATCACAGCTAGATGGGTAGTAATGAGGTGGAGGCTGTGATGGTGGATGAAGTTCCATTTCCTCCACAAATAACCATCACCAAGCCATTGTCCTTGCTGGCTCATGGAATTACGGACATAGAGATACATTTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997202
ATGGGTAGTAATGAGGTGGAGGCTGTGATGGTGGATGAAGTTCCATTTCCTCCACAAATAACCATCACCAAGCCATTGTCCTTGCTGGCTCATGGAATTACGGACATAGAGATACATTTCCTCCAGATTAAGTTCACAGCAATTGGAGTTTACTTGGACCCTCAGATTGGGACCCATCTCCAAAAATGGAAAGGCAAATCTCCCGCCGACTTAGCACAAGACGACGATCTCTTCGACGCCCTAATTTCTGCTCCGGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778437.1
MGSNEVEAVMVDEVPFPPQITITKPLSLLAHGITDIEIHFLQIKFTAIGVYLDPQIGTHLQKWKGKSPADLAQDDDLFDALISAPVEKLIRVVVIKEIKGSQYGVQLENSVRERLAEEDKYEEEEEAALEQVVHFFQSKYFNPHSTITFYFPTTAAPTVQIVFSTEGKEESKMEVNNANVAEMIQKWYLGGSRGLSPTTISSLATALSAELSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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