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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002564`

染色体: Chr08 坐标: 24983779-24984855 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002564`
名称	SmilChr08G002564
描述	RING-H2 finger protein ATL74-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	24983779 - 24984855 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997204`
GeneID	`130997204`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997204`
原始查询	`SmilChr08G002564`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL74-like
产物	RING-H2 finger protein ATL74-like
Arabidopsis	`AT5G05280` (AT5G05280) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830410] identity=54.9; qcov=0.882; evalue=2.96e-46; confidence=medium
Rice	`Os11g0116200` (OsLTP1.13) - identity=50.7; qcov=0.907; evalue=3.93e-46; confidence=medium
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0016740 (transferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997204

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endosome	内体	0.60000	`XP_057778438.1`
2	Endosome membrane	内体膜	0.60000	`XP_057778438.1`
3	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.40000	`XP_057778438.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057778438.1`
5	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057778438.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:24984056`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B69,C26,C63,C87
`Chr8:24984077`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr8:24984107`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B23,C27,C44
`Chr8:24984111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:24984190`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A25,A5,B106,B114,B126,B47,B55,B74,C30,C47,C69,D7
`Chr8:24984207`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	21	A22,A25,A5,A9,B106,B114,B120,B126,B134,B45,B47,B55,B59,B69,B74,C30,C47,C63,C69,C87,D7
`Chr8:24984297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B59,C87
`Chr8:24984312`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A25,B59,C87
`Chr8:24984312`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A25,B59,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778438.1

161 aa

161

zf-RING_11

zf-RING_2

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

PF17123 zf-RING_11 99-128 aa PF13639 zf-RING_2 99-142 aa PF13445 zf-RING_UBOX 100-139 aa PF00097 zf-C3HC4 100-141 aa PF13923 zf-C3HC4_2 100-141 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778438.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	99	128	6.7e-11	42.4	RING-like zinc finger
`XP_057778438.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	99	142	4.7e-14	53.1	Ring finger domain
`XP_057778438.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	100	139	1.1e-05	26.0	RING-type zinc-finger
`XP_057778438.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	100	141	7.6e-07	29.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057778438.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	100	141	1.8e-08	34.8	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922455.1
AACTATCTAGCATTGCATCTTTCACATAAAATTTTATTAACTCTTTTTGGTTTTTGCATGCCTTTTTACCATGTTTGGTAGGAGTAAGGATTTTGTGGTTTCAGAATTTGCACCTATATAAGCAGTTTGGTAGAAATTCCTAATTTCAGGTACAAGTTTACCACCCCTCATAAAACTAGCTTCCTAATAATTTCCCTTTATTCTCCCATCTTATCTCTCCCAATCTGAATCCGATCTTCAATACCACAAAATACTAAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997204
ATGAGATTCTATCACTGGCCGCGCCGCCTGCTCGTCGAAGCTCGAGACAGCGGCGGCGGCGGCTACAGCAGAGCGGCGAGCTTCGACAGGAACATGGTGATCATACTGGCGGCCTTGTTGTGCGCTTTGATATGCGCTCTCGGGGTAAACTCCATAGTGAGATGCATGCTGAGGTGCGCGGCCAGGATGAATATTAATCGGGGCGAGGCGCCGCCGCAGTTCGGGAGGAAGGGGCTGAGGAAGGCGGCGCTCCGGCATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778438.1
MRFYHWPRRLLVEARDSGGGGYSRAASFDRNMVIILAALLCALICALGVNSIVRCMLRCAARMNINRGEAPPQFGRKGLRKAALRHIPVEVYQGVGSTDCPICLGEFVDGDKMRVLPKCHHSFHVKCVDVWLASHTSCPTCRHSLAPDGGRGADSAAQEVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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