Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002578

染色体: Chr08 坐标: 25105044-25121864 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002578
名称SmilChr08G002578
描述uncharacterized SmilChr08G002578
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25105044 - 25121864 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997214
GeneID130997214
locus_tag-
NCBI NameLOC130997214
原始查询SmilChr08G002578

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述EIP10; symbol=EIP10; hit=Os01g0819900; species=rice; confidence=high
产物EIP10; symbol=EIP10; hit=Os01g0819900; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G40730 (CTEXP)
kinase family with ARM repeat domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818668]
identity=75.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0819900 (EIP10)
-
identity=71.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997214

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057778448.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057778448.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.60000 XP_057778448.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057778448.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057778448.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25105629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B107,C46
Chr8:25106283 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:25107626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr8:25109637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:25109638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B107,C46
Chr8:25110462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:25110713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr8:25111113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C13,C39,C83
Chr8:25113272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:25115813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B38,B39,C39
Chr8:25117270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:25117274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922465.1
GAGAAGAAAGTCGAATCGATTGAAAGATAATACAAATCGGAATTTTTCGATTTTTTAATCCGATTCGAAAATTTTAAACTACAAAATCTAACTGAAATGAACGATTTTGACACAAATTTTCACTGTTTTGTTCAGCCGAAGATCCCGAAACAAATGAGATGATGAATTAATTCATTTTGACGCTTTTGTGAAGATCAATTTTATCCCCTGTTTCGCACTCTGTCACCGTAGTGTACAGCTCTTCCCCTTTCTCCCGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997214
ATGCTCAAATTTCTTAAAGGAGTCGTCGCCGGATCAGGCGCTGGCCTCAAGGATCTTCCGTATAACATCGGGGAGCCCTACTCTTCTGCGTGGGGCTCCTGGGTGCACTATCGTGGAACCTCTAAGGATGATGGAGCACCTGTCTCAATATTTTCTCTTTCAGGGAGCAGTGCAAACGATGGGCATTTAGTTGCTGGCCGTAATGGTGTTAAACGCTTGCGAACGGTCAGACATCCAAATATTTTGTCATTTCTGCACAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778448.1
MLKFLKGVVAGSGAGLKDLPYNIGEPYSSAWGSWVHYRGTSKDDGAPVSIFSLSGSSANDGHLVAGRNGVKRLRTVRHPNILSFLHSTEAETLDGSTTKVTIYIVTEPVMPLSEKIKELGLEGNQRDEYYAWGLHRISKAVSFLNNDCKLVHGNVCMASVVVTQTLDWKLHAFDVLSEYDGNNEAATGPMLQYEWLIGSQYKSMELSKSDWSAIRKSPPWAIDSWGLGCLIYELFSGMKLGRTEELRNTTNIPKSLLQDY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器