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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002579

染色体: Chr08 坐标: 25135182-25139365 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002579
名称SmilChr08G002579
描述WRKY transcription factor 55
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25135182 - 25139365 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997215
GeneID130997215
locus_tag-
NCBI NameLOC130997215
原始查询SmilChr08G002579

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WRKY transcription factor 55
产物WRKY transcription factor 55
ArabidopsisAT2G40740 (WRKY55)
WRKY DNA-binding protein 55 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818669]
identity=37.7; qcov=1.03; evalue=3.43e-61; confidence=medium
RiceOs05g0321900 (OsWRKY75)
-
identity=67.4; qcov=0.254; evalue=1.39e-37; confidence=weak
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF03106 (WRKY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997215

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778449.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778449.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778449.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778449.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057778449.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25135369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C8
Chr8:25135388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:25135583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:25135617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:25135686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:25135750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B104,B2,C8
Chr8:25138856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B43,C25,C36,C87
Chr8:25138884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:25138900 TG * 1bp_deletion CDS_variant 4 B10,B101,C75,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778449.1
340 aa
N
1
170
340
WRKY
C
PF03106 WRKY 192-252 aa
XP_057778450.1
339 aa
N
1
170
339
WRKY
C
PF03106 WRKY 191-251 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778449.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 192 252 1.2e-26 93.4 WRKY DNA -binding domain
XP_057778450.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 191 251 1.2e-26 93.4 WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922466.1
TATCCTTGATTTCCTTCTTCTTTCCCATACTTAAATATATATACCCTACACACACTTCCACCAAAATCCCACCAGAAAAAAAAATAAAAATTACATTAATATTTTTTGAAAAATATATAGAAACCCCAAAAACAGAGAAAAGAAAATGGAGGAAGATCTTATATTATATGGGTGTAAATTAGCAAAAGAGATGGAACAGAATCTTCCAATGCTGGCCAACCAGCCCGAAGCTCTTCTGGCATCCTGCGAAGAAATTATTA...
XM_057922467.1
ATCCTTGATTTCCTTCTTCTTTCCCATACTTAAATATATATACCCTACACACACTTCCACCAAAATCCCACCAGAAAAAAAAATAAAAATTACATTAATATTTTTTGAAAAATATATAGAAACCCCAAAAACAGAGAAAAGAAAATGGAGGAAGATCTTATATTATATGGGTGTAAATTAGCAAAAGAGATGGAACAGAATCTTCCAATGCTGGCCAACCAGCCCGAAGCTCTTCTGGCATCCTGCGAAGAAATTATTAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997215
ATGGAGGAAGATCTTATATTATATGGGTGTAAATTAGCAAAAGAGATGGAACAGAATCTTCCAATGCTGGCCAACCAGCCCGAAGCTCTTCTGGCATCCTGCGAAGAAATTATTACCATATTTAATAACGTTAAAGAGAGACTGATCGTGTCTCAAGGGAATATGATGAGTTTTCACGGCAGGGGCGGCGCTGGGATCCAAGAATGGCTCAGAACTGCTAGCGGCAGTTTGACGCCGGCTACTAGTGCTACTACTAGCGT...
LOC130997215
ATGGAGGAAGATCTTATATTATATGGGTGTAAATTAGCAAAAGAGATGGAACAGAATCTTCCAATGCTGGCCAACCAGCCCGAAGCTCTTCTGGCATCCTGCGAAGAAATTATTACCATATTTAATAACGTTAAAGAGAGACTGATCGTGTCTCAAGGGAATATGATGAGTTTTCACGGCAGGGGCGGCGCTGGGATCCAAGAATGGCTCAGAACTGCTAGCGGCAGTTTGACGCCGGCTACTAGTGCTACTACTAGCGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778449.1
MEEDLILYGCKLAKEMEQNLPMLANQPEALLASCEEIITIFNNVKERLIVSQGNMMSFHGRGGAGIQEWLRTASGSLTPATSATTSVAPEPMDLLSAQAMLRDQTNFHDAAKMKGLLLEQQQSSSGLDFMRGGERDISRVGAIDEVHPKTNAPDFIKTSPPRHQRRSRNEEGGKYVTTVAAPQMGNLDIPPEDGFTWRKYGQKEILGSKYPRSYYRCTHQKFYDCPAKKQVQRLDNDPFTFELTYRGTHTCHMSSTAPAP...
XP_057778450.1
MEEDLILYGCKLAKEMEQNLPMLANQPEALLASCEEIITIFNNVKERLIVSQGNMMSFHGRGGAGIQEWLRTASGSLTPATSATTSVAPEPMDLLSAQAMLRDQTNFHDAAKMKGLLLEQQQSSSGLDFMRGGERDISRVGAIDEVHPKTNAPDFIKTSPPRHQRRRNEEGGKYVTTVAAPQMGNLDIPPEDGFTWRKYGQKEILGSKYPRSYYRCTHQKFYDCPAKKQVQRLDNDPFTFELTYRGTHTCHMSSTAPAPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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