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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002587

染色体: Chr08 坐标: 25193466-25198021 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002587
名称SmilChr08G002587
描述uncharacterized protein At2g29880-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25193466 - 25198021 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997224
GeneID130997224
locus_tag-
NCBI NameLOC130997224
原始查询SmilChr08G002587

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G27260 (AT5G27260)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]
identity=28.7; qcov=0.98; evalue=1.02e-16; confidence=low
RiceOs02g0328500
-
identity=37.3; qcov=0.533; evalue=2.27e-31; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF12776 (Myb_DNA-bind_3); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997224

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778460.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057778460.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057778460.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778462.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778462.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25195107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr8:25195111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr8:25195147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B119,B72
Chr8:25195148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,D2
Chr8:25195189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,C13
Chr8:25195194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr8:25195195 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 5 A8,B18,B4,C13,C86
Chr8:25195195 TAC T 2bp_deletion CDS_variant 5 A8,B18,B4,C13,C86
Chr8:25195196 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 63 A11,A23,B10,B103,B107,B115,B119,B121,B122,B124,B125,B129,B138,B139,B19,B20,B24,B33,B45,B46,B49,B5,B54,B57,B58,B6,B60,B66,B70,B71,B72,B73,B77,B78,B8,B9,B90,B92,B96,B99,C11,C12,C18,C25,C26,C33,C37,C44,C48,C50,C58,C61,C64,C68,C70,C77,C83,C84,C85,C87,D11,D6,D8
Chr8:25195199 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 D2
Chr8:25195199 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 D2
Chr8:25195200 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 8 A23,A8,B18,B4,B45,C13,C74,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778460.1
403 aa
N
1
202
403
DUF8040
Plant_tran
DDE_Tnp_1
DDE_Tnp_4
C
PF26138 DUF8040 57-147 aa PF04827 Plant_tran 171-344 aa PF01609 DDE_Tnp_1 172-337 aa PF13359 DDE_Tnp_4 179-339 aa
XP_057778461.1
403 aa
N
1
202
403
DUF8040
Plant_tran
DDE_Tnp_1
DDE_Tnp_4
C
PF26138 DUF8040 57-147 aa PF04827 Plant_tran 171-344 aa PF01609 DDE_Tnp_1 172-337 aa PF13359 DDE_Tnp_4 179-339 aa
XP_057778462.1
324 aa
N
1
162
324
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 39-139 aa
XP_057778463.1
324 aa
N
1
162
324
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 39-139 aa
XP_057778464.1
302 aa
N
1
151
302
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 17-117 aa
XP_057778465.1
324 aa
N
1
162
324
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 39-139 aa
XP_057778466.1
302 aa
N
1
151
302
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 17-117 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778460.1 Pfam PF26138 DUF8040 Domain 57 147 1.7e-21 76.6 Domain of unknown function (DUF8040)
XP_057778460.1 Pfam PF04827 Plant_tran Family 171 344 4.7e-08 33.6 Plant transposon protein
XP_057778460.1 Pfam PF01609 DDE_Tnp_1 Domain 172 337 8.5e-14 52.5 Transposase DDE domain
XP_057778460.1 Pfam PF13359 DDE_Tnp_4 Domain 179 339 7.1e-31 107.7 DDE superfamily endonuclease
XP_057778461.1 Pfam PF26138 DUF8040 Domain 57 147 1.7e-21 76.6 Domain of unknown function (DUF8040)
XP_057778461.1 Pfam PF04827 Plant_tran Family 171 344 4.7e-08 33.6 Plant transposon protein
XP_057778461.1 Pfam PF01609 DDE_Tnp_1 Domain 172 337 8.5e-14 52.5 Transposase DDE domain
XP_057778461.1 Pfam PF13359 DDE_Tnp_4 Domain 179 339 7.1e-31 107.7 DDE superfamily endonuclease
XP_057778462.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 39 139 1e-11 46.4 Myb/SANT-like DNA-binding domain
XP_057778463.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 39 139 1e-11 46.4 Myb/SANT-like DNA-binding domain
XP_057778464.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 17 117 8.5e-12 46.6 Myb/SANT-like DNA-binding domain
XP_057778465.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 39 139 1e-11 46.4 Myb/SANT-like DNA-binding domain
XP_057778466.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 17 117 8.5e-12 46.6 Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922483.1
AGGACATGATTGGTATGATGGAATGGGGGTAGGAATGGAATGGTGATTCCTACCTCCATTCCATTCCTTTGATTGGTATAACTTTCATTTAGGAATCACCATTCTCAAGGGAATCACCATTCCCATACACATGGGAATCACCATTCTTCCCCTCCAACATGGTATTACCCATTCCATTCCAATTTTAATTCCCCTAAATTTAGGTTTTGACAAAATTACCCCTTCTCTCCCTATCTCTTGCTAGCAATTGTAAACGCAGA...
XM_057922477.1
GGTATGATGGAATGGGGGTAGGAATGGAATGGTGATTCCTACCTCCATTCCATTCCTTTGATTGGTATAACTTTCATTTAGGAATCACCATTCTCAAGGGAATCACCATTCCCATACACATGGGAATCACCATTCTTCCCCTCCAACATGGTATTACCCATTCCATTCCAATTTTAATTCCCCTAAATTTAGGTTTTGACAAAATTACCCCTTCTCTCCCTATCTCTTGCTAGCAATTGTAAACGCAGACACTCTTCCCT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130997224
ATGGCAAGATTAAATGTATCGCTGAGGAGAAAGAGATATATTGCAATGTGCTCATTATGGTTGAGCATAATGCAATTGGTTAATTGGTTTTGGATTGTTTTCAAGCACCTAGAAAATCATGCCAGACGAATTAGCTTAAGAGATAGATATCAATATAATTTTTTTGAGAGAAGAAAATATATGAATAAGATTATCTATGTTAGTGATAGTGTATGCAAAAGTATTACTAGGATGAACAGGCGAACATTTGTTCGTTTATG...
LOC130997224
ATGGCAAGATTAAATGTATCGCTGAGGAGAAAGAGATATATTGCAATGTGCTCATTATGGTTGAGCATAATGCAATTGGTTAATTGGTTTTGGATTGTTTTCAAGCACCTAGAAAATCATGCCAGACGAATTAGCTTAAGAGATAGATATCAATATAATTTTTTTGAGAGAAGAAAATATATGAATAAGATTATCTATGTTAGTGATAGTGTATGCAAAAGTATTACTAGGATGAACAGGCGAACATTTGTTCGTTTATG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057778460.1
MARLNVSLRRKRYIAMCSLWLSIMQLVNWFWIVFKHLENHARRISLRDRYQYNFFERRKYMNKIIYVSDSVCKSITRMNRRTFVRLCSRLEATGIVRRTKNMLVDEQVAITLHILAHHQKQRTIGVNFERSGETISRNFRQVINSIISLQGELLKKPEPILDGCTDERWKWFKGCLGALDGTHIKVRVPREDKPRYRTRKNEIATNVLGVCSPDMQFIYVLSGWEGSAADGRVLRDAITRRNGLVVPRGSYYLVDAGYTN...
XP_057778461.1
MARLNVSLRRKRYIAMCSLWLSIMQLVNWFWIVFKHLENHARRISLRDRYQYNFFERRKYMNKIIYVSDSVCKSITRMNRRTFVRLCSRLEATGIVRRTKNMLVDEQVAITLHILAHHQKQRTIGVNFERSGETISRNFRQVINSIISLQGELLKKPEPILDGCTDERWKWFKGCLGALDGTHIKVRVPREDKPRYRTRKNEIATNVLGVCSPDMQFIYVLSGWEGSAADGRVLRDAITRRNGLVVPRGSYYLVDAGYTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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