Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002602

染色体: Chr08 坐标: 25385677-25391716 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002602
名称SmilChr08G002602
描述uncharacterized SmilChr08G002602
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向25385677 - 25391716 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997238
GeneID130997238
locus_tag-
NCBI NameLOC130997238
原始查询SmilChr08G002602

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824586]; symbol=AT3G54190; hit=AT3G54190; species=arabidopsis; confidence=high
产物Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824586]; symbol=AT3G54190; hit=AT3G54190; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G54190 (AT3G54190)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824586]
identity=83.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0482600
-
identity=81.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF25463 (DUF7899)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778484.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057778484.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057778484.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778484.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778484.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:25388502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,B59,C63,C67
Chr8:25388680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr8:25388746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr8:25390177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:25391135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778484.1
476 aa
N
1
238
476
DUF7899
C
PF25463 DUF7899 49-474 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778484.1 Pfam PF25463 DUF7899 Repeat 49 474 1.8e-225 748.7 Domain of unknown function (DUF7899)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922501.1
GTCGGATGTTGTGAATCTGGAATTTGAACTCTAGTCGGACGTCAAACGCTTCTAAAATCCGACAAATTTCTCCCTTGTGTATTTTTAGGCCCCTCCTTTCAAAGTAAGAGCTTTACTCTTTTGCCAAATTGCCTTCACCTGATTAATACATATGTACATGGGAGGGATAGAGAGAGATTAGAGCGAGAGAGAGTTCATTCGCATCCAAATTTTGCGTAAATGCGAAAATTAATTAAAGAACTCACTTGTGAAGAAGAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997238
ATGGACGGGCGGAGAATAACGGCGAGCCCGAGGCCGTGCTGTGGCCGGCGAGTGGTGGCGAAGAAGCGGCCTCGCGGTGGTTTAGATGGTTTTGTTAACAGCGTGAAGAAGCTGCAGAGAAGGGAGATTTCCTCGAAGCGTGACCGTGCTTTTAGCATGAGTGATGCTCAGGAGCGATTCCGCAACATTCGCTTGCAGGAGGAATATGATACTCATGATCCCAAGGGATATTGTTCTTTGTCGTTACCGTTTCTGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778484.1
MDGRRITASPRPCCGRRVVAKKRPRGGLDGFVNSVKKLQRREISSKRDRAFSMSDAQERFRNIRLQEEYDTHDPKGYCSLSLPFLKKRSKIIEIVAARDIVFALAQSGVCAAFSRETNQRICFLNVCPDEVIRSLFYNKNNDSLITVSVYASDNFSSLKCRTTRIEYIRRGKPDAGFPLFESESLKWPGFVEFDDVNGKVLTYSAQDSIYKVFDLKNYTMLYSISDKNVQEIKISPGIMLLIFTKTQGAVPLKILSIEDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器